Rifi

doi：10.18129/b9.bioc.rifi

这是发展Rifi的版本；对于稳定版本，请参阅Rifi。

Rifi'来自利福平时间序列的Anyalyses数据由微阵列或RNASEQ结合

生物导体版本：开发（3.16）

“ RIFI”分析了由MicroArray或RNASEQ创建的利福平时间序列中的数据。“ RIFI”是用于整体识别转录和衰减相关过程的转录组数据分析工具。每个探针/垃圾箱都安装了衰减常数和衰减发作的延迟。随后，通过动态编程将相等性质的探针/垃圾箱组合成段，而与现有的基因组注释无关。这允许检测一个带注释的基因中不同稳定性或转录事件的转录段。除了经典的衰减常数/半衰期分析外，“ RIFI”还检测到处理位点，转录暂停位点，操纵子中的内部转录起始位点，操纵子中部分转录终止的位点，识别可能通过碰撞机制和碰撞机制和可能的转录干扰区域给出转录速度的估计。所有数据均集成以给出连续转录单元的估计，即操纵子。全面的输出表和全基因组结果的可视化以及所有探针/垃圾箱的单个拟合。

作者：Jens Georg [AUT，CRE]

维护者：Jens Georg

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ rifi”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Rifi”）

html	R脚本	基于高分辨率微阵列或RNA-seq数据的RIFI进行衰减估计
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	差异性，，，，结肠管制，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，回归，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.1.1
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	R（> = 4.1）
进口	车，，，，牛仔图，，，，DOMC， 平行，dplyr，，，，蛋，，，，foreach，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，网格，方法，NLS2，，，，nnet，，，，rlang，，，，S4VECTORS，，，，秤，统计Stringr，，，，总结性特征，，，，蒂布尔，，，，rtracklayer，UTILS
链接
建议	desctools，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/cyanolabfreiburg/rifi
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rifi_1.1.1.1.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	rifi_1.1.1.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rifi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rifi
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rifi/
软件包下载报告	下载统计