samexplorer

doi：10.18129/b9.bioc.samexplorer

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

这是发展samexplorer的版本；对于稳定版本，请参阅samexplorer。

SAMEXPLORER软件包：高性能读取摘要，以计算具有测序深度减少模拟的矢量

生物导体版本：开发（3.13）

该R软件包设计用于次采样过程，以模拟测序深度减少的测序实验。该软件包可用于从所有主要的测序平台中生成的片状数据，例如Illumina GA，Hiseq，Miseq，Roche GS-FLX，ABI Solid和Lifetech Ion PGM Proton测序仪。它支持包括Linux，Mac OS X，FreeBSD和Solaris的多个操作系统。通过使用Rsubread开发。

作者：Alexey Stupnikov，Shailesh Tripathi和Frank Emmert-Streib

维护者：shailesh tripathi

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc devel Biocmanager :: install（version = deS ='devel'）biocmanager :: install（“ samexplorer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	结盟，，，，chipseq，，，，dnaseq，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，遗传学，，，，遗传因素，，，，基因数，，，，免疫学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，全媒体
版本	1.15.1
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（3。5年）
执照	GPL-3
要看	GGPLOT2，，，，rsubread，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，EDGER，r（> = 3.4.0）
进口	grdevices，统计，图形
链接
建议	生物使用，，，，运行，，，，生物基因，，，，矩阵
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/samexplorer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/samexplorer
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/samexplorer/
软件包下载报告	下载统计