SCBFA

doi：10.18129/b9.bioc.scbfa

这是发展SCBFA的版本；对于稳定版本，请参阅SCBFA。

使用基因检测模式来减轻降低维度的工具来减轻SCRNA-SEQ的嘈杂表达曲线

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包旨在通过二进制因子分析模型对SCRNA-SEQ的基因检测模式进行建模。该模型允许用户进入单元级协变量矩阵X和基因级别协变量矩阵Q，以说明牙齿方差（例如批量效应），并将输出低维嵌入矩阵以进行下游分析。

作者：卢克斯·李[AUT，CRE]，Gerald Quon [aut]

维护者：ucdavis.edu> ruoxin li

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ scbfa”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ SCBFA”）

html	R脚本	SCRNA-SEQ的基因检测分析
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	Atacseq，，，，批处理效应，，，，维度，，，，基因表达，，，，kegg，，，，QualityControl，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，Seurat，，，，大量的，，，，Zinbwave，统计系词，，，，GGPLOT2，，，，deseq2，utils，网格，方法，矩阵
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，RTSNE
系统要求
增强
URL	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/bfa
BugReports	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/bfa/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scbfa_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	scbfa_1.11.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scbfa_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scbfa
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/scbfa
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scbfa/
软件包下载报告	下载统计