scMerge

DOI:10.18129 / B9.bioc.scMerge

这是发展scMerge版本;稳定发布版本请参见scMerge．

scMerge:合并多批scna -seq数据

Bioconductor版本:开发(3.14)

与所有基因表达数据一样，单细胞RNA-seq (scRNA-Seq)数据也受到批处理效应和其他不必要的变化的影响，这使得准确的生物学解释变得困难。scMerge方法利用因子分析、稳定表达基因(SEGs)和(伪)复制来去除不必要的变异，并合并多个scRNA-Seq数据。这个包包含scMerge管道中所有必要的功能，包括seg的识别、复制识别方法和scRNA-Seq数据的合并。

作者:林颖欣[aut, cre]， Kevin Wang [aut]，悉尼生物信息学与生物识别集团[fnd]

维护者:Yingxin Lin < Yingxin。林在sydney.edu.au >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require .packages("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scMerge")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“scMerge”)

超文本标记语言	R脚本	scMerge
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，GeneExpression，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	BiocParallel，BiocSingular，集群，DelayedArray，DelayedMatrixStats，分配，igraph，M3Drop(> = 1.9.4),并行,pdist，代理，ruv，S4Vectors(> = 0.23.19),SingleCellExperiment(> = 1.7.3),SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle，covr，HDF5Array，knitr，矩阵，rmarkdown，尺度，嘘，testthat，獾
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/SydneyBioX/scMerge
BugReports	https://github.com/SydneyBioX/scMerge/issues
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scMerge_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	scMerge_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scMerge
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scMerge
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scMerge/
包下载报告	下载数据