Sctreeviz

doi：10.18129/b9.bioc.sctreeviz

这是发展Sctreeviz的版本;对于稳定版本，请参阅Sctreeviz。

r/bioconductor套件，可以交互式探索和可视化单元RNA-seq数据集用hierarhical注释

生物导体版本：开发（3.16）

Sctreeviz提供了类似于层次结构的单元RNA-Seq数据集的交互式数据聚合和可视化类别的类，例如细胞簇在不同的分辨率下。“ TreeIndex”类提供了管理层次结构并以给定分辨率或跨分辨率分开的方法。`treeviz`类都扩展了`汇总experiment`，并且可以在簇定义的计数矩阵上执行快速聚合。

作者：Jayaram Kancherla [AUT，CRE]，Hector Corrada Bravo [aut]，Kazi Tasnim Zinat [aut]，Stephanie Hicks [aut]

维护者：jayaram kancherla

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ sctreeviz”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Sctreeviz”）

html	R脚本	使用sctreeviz探索数据
PDF		参考手册

细节

生物浏览	GUI，，，，基础设施，，，，Singlecell，，，，软件，，，，可视化
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0），方法，epivizr，，，，总结性特征
进口	Data.Table，，，，S4VECTORS，，，，消化，，，，矩阵，，，，RTSNE，，，，httr，，，，Igraph，，，，Clustree，，，，斯克兰，，，，系统，，，，epivizrdata，，，，Epivizrserver，，，，ggraph，，，，评分，，，，Seurat，，，，Singlecellexperiment，，，，GGPLOT2，统计，utils
链接
建议	尼特，，，，生物使用，，，，测试，，，，SC3，，，，scrnaseq，，，，rmarkDown，，，，MSD16S，，，，元基因组，，，，EPIVIZRSTANTALLONE，，，，GenomeInfodB
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sctreeviz_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	sctreeviz_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sctreeviz_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sctreeviz
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sctreeviz
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sctreeviz/
软件包下载报告	下载统计