SCDE

doi：10.18129/b9.bioc.scde

这是发展SCDE的版本；对于稳定版本，请参阅SCDE。

单细胞差异表达

生物导体版本：开发（3.16）

SCDE软件包实现了一组用于分析单细胞RNA-seq数据的统计方法。SCDE适合单细胞RNA-seq测量的单个误差模型。然后，这些模型可用于评估细胞组之间的差异表达以及其他类型的分析。SCDE软件包还包含宝塔框架，该框架应用途径和基因集过度分析分析以识别和表征基于转录特征的推定细胞亚群。以下出版物中详细介绍了差异表达分析的总体方法：“单细胞差异表达分析的贝叶斯方法”（Kharchenko PV，Silberstein L，Scadden DT，Scadden DT，自然方法，DOI：10.1038/NMETH.2967）。在以下预印中详细介绍了亚群鉴定和表征的总体方法：“通过途径和基因集过度分散分析来表征转录异质性”（Fan J，Salathia N，Liu R，Kaeser G，Kaeser G，Yung Y，Herman J，Herman J，Kaper f，Kaper f，Fan JB，Zhang K，Chun J和Kharchenko PV，自然方法，doi：10.1038/nmeth.3734）。

作者：Peter Kharchenko [AUT，CRE]，Jean Fan [AUT]

维护者：Jean Fan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ scde”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，差异性，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，软件，，，，统计信息，，，，转录
版本	2.25.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.0.0），flexmix
进口	RCPP（> = 0.10.4），rcpparmadillo（> = 0.5.400.2.0），MGCV，，，，车，，，，rjson，，，，大量的，，，，开罗，，，，rcolorbrewer，，，，EDGER，，，，Quantreg， 方法，nnet，，，，rmtstat，，，，极端，，，，pcamethods，，，，生物比较， 平行
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	尼特，，，，CBA，，，，快速积分，，，，WGCNA，，，，go.db，，，，org.hs.eg.db，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	http://pklab.med.harvard.edu/scde
BugReports	https://github.com/hms-dbmi/scde/issues
取决于我
进口我
建议我	宝塔2
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scde_2.25.0.tar.gz
Windows二进制	scde_2.25.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scde_2.25.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scde
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/scde
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scde/
软件包下载报告	下载统计