schex

DOI:10.18129 / B9.bioc.schex

这是发展schex的版本;稳定版请参见schex．

单细胞组学数据的Hexbin图

Bioconductor版本:开发(3.16)

为存储在单细胞组学数据(如singlecel实验和SeuratObject)中的变量和降维构建hexbin图。这套方案中使用的思想是基于丹·卡尔、尼古拉斯·列文-高、马丁·马赫勒和托马斯·拉姆利的出色工作。

作者:Saskia Freytag

维护者:Saskia Freytag < Saskia . Freytag at perkins.uwa.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("schex")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“schex”)

超文本标记语言	R脚本	multi_modal_schex
超文本标记语言	R脚本	picking_the_right_resolution
超文本标记语言	R脚本	Seurat_schex
超文本标记语言	R脚本	shiny_schhex
超文本标记语言	R脚本	using_schex
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，测序，SingleCell，软件，可视化
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment(> = 1.7.4),修拉，ggplot2(> = 3.2.1),闪亮的
进口	hexbin，统计，方法，集群，dplyr，熵，ggforce，尺度、网格concaveman
链接
建议	ggrepel，knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,covr，TENxPBMCData，嘘，shinydashboard，iSEE，igraph，食物
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
BugReports	https://github.com/SaskiaFreytag/schex/issues
全靠我
进口我	scTensor，scTGIF
建议我	fcoex
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	schex_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	schex_1.11.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	schex_1.11.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/schex
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/schex
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/schex/
软件包下载报告	下载数据