scmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmap

这是发展scmap版本;稳定发布版本请参见scmap．

单细胞rna序列数据的无监督投影工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

单细胞RNA-seq (scRNA-seq)被广泛用于研究复杂组织的组成，因为该技术允许研究人员使用转录组的无监督聚类来定义细胞类型。然而，由于实验方法和计算分析的差异，直接比较两个不同实验中识别的细胞往往具有挑战性。scmap是一种将scna -seq实验中的细胞投射到不同实验中识别的细胞类型或单个细胞上的方法。

作者:Vladimir Kiselev

维护者:Vladimir Kiselev < Vladimir .yu。Kiselev在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scmap")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“scmap”)

超文本标记语言	R脚本	' scmap '包小插图
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，测序，SingleCell，软件，SupportVectorMachine，转录，转录组，可视化
版本	1.19.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	Biobase，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，BiocGenerics，S4Vectors，dplyr，reshape2，matrixStats，代理跑龙套,googleVis，ggplot2，方法，统计，e1071，randomForest，Rcpp(> = 0.12.12)
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hemberg-lab/scmap
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/scmap/
全靠我
进口我
建议我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scmap_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	scmap_1.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scmap_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scmap
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scmap/
软件包下载报告	下载数据