细分器

doi：10.18129/b9.bioc.sementer

这是发展段的版本；对于稳定版本，请参阅细分器。

通过调用Chromhmm在R中进行染色质分割分析

生物导体版本：开发（3.16）

染色质分割分析将CHIP-SEQ数据转换为基因组上的信号。后者代表多元马尔可夫模型中观察到的状态，以预测染色质的潜在状态。用Java编写的Chromhmm集成了组蛋白修饰数据集以学习染色质状态DE-NOVO。该软件包的目的是从R内调用Chromhmm，在S4对象中捕获输出文件，然后接口到其他相关的生物导体分析工具。此外，分段器还提供了测试，选择和可视化分割输出的功能。

作者：Mahmoud Ahmed [AUT，CRE]

维护者：Mahmoud Ahmed

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ sementer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“细分”）

html	R脚本	使用细分器的染色质分割分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	历史化，，，，软件
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	Chipseeker，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，bamsignals，，，，复杂的图像，图形，统计，utils，方法，chromhmmdata
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.GVIZ
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/mahshaaban/sementer/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	semgenter_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	sementer_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sementer_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sementer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/分段器
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sementer/
软件包下载报告	下载统计