Shinyepico

doi：10.18129/b9.bioc.shinyepico

这是发展Shinyepico的版本；对于稳定版本，请参阅Shinyepico。

Shinyépico

生物导体版本：开发（3.16）

Shinyépico是分析Illumina DNA甲基化阵列（450k或Epic）的图形管道。它允许在用户友好的界面中计算差异化甲基化位置和差异化甲基化区域。此外，它包括多种输出结果并获取文件以执行下游分析的选项。

作者：Octavio Morante-Palacios [CRE，AUT]

维护者：octavio morante-palacios octaviompa>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ shinyepico”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Shinyepico”）

html	R脚本	Shinyepico
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，微阵列，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，软件
版本	1.5.2
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	AGPL-3 +文件执照
要看	R（> = 4.2.0）
进口	DT（> = 0.15.0），Data.Table（> = 1.13.0），多帕尔（> = 1.0.0），dplyr（> = 1.0.9），foreach（> = 1.5.0），基因组机（> = 1.38.0），GGPLOT2（> = 3.3.0），GPLOTS（> = 3.0.0），热图（> = 1.1.0），林玛（> = 3.42.0），Minfi（> = 1.32.0），情节（> = 4.9.2），RESHAPE2（> = 1.4.0），rlang（> = 1.0.2），rmarkDown（> = 2.3.0），rtracklayer（> = 1.46.0），闪亮的（> = 1.5.0），闪亮的widgets（> = 0.5.0），Shinycsssloaders（> = 0.3.0），Shinyjs（> = 1.1.0），有光泽的人（> = 1.1.0），Statmod（> = 1.4.0），花花公子（> = 1.2.0），压缩（> = 2.1.0）
链接
建议	尼特（> = 1.30.0），MCSEA（> = 1.10.0），Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，Illuminahumanmethylation450Kmanifest，Illuminahumanhumanmethylationepicanno.ilm10b4.hg4测试，，，，Minfidata
系统要求
增强
URL	https://github.com/omorante/shiny_epico
BugReports	https://github.com/omorante/shiny_epico/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Shinyepico_1.5.2.2.tar.gz
Windows二进制	shinyepico_1.5.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Shinyepico_1.5.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/shinyepico
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/shinyepico
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/shinyepico/
软件包下载报告	下载统计