singscore

DOI:10.18129 / B9.bioc.singscore

这是发展版本的singscore;稳定版请参见singscore．

基于排名的单样本基因集评分方法

Bioconductor版本:开发(3.16)

一种简单的单样本基因签名评分方法，使用基于排名的统计分析样本的基因表达谱。它在单样本水平上对基因集的表达活性进行评分。

作者:吕汝倩[aut, ctb]， Momeneh Foroutan [aut, ctb]， Dharmesh D. Bhuva [aut, cre]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("singscore")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“singscore”)

超文本标记语言	R脚本	单样本评分
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	方法，统计，图形，ggplot2grDevices,ggrepel，GSEABase，情节，tidyr，plyr，magrittr，重塑，刨边机，RColorBrewer，Biobase，BiocParallel，SummarizedExperiment，matrixStats，reshape2，S4Vectors
链接
建议	hexbin，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/singscore
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/singscore/issues
全靠我
进口我	SingscoreAMLMutations，TBSignatureProfiler
建议我	msigdb，vissE
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	singscore_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	singscore_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	singscore_1.17.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singscore
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/singscore
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/singscore/
软件包下载报告	下载数据