激流回旋

DOI:10.18129 / B9.bioc.slalom

这是发展回转版本;稳定版请参见激流回旋．

单细胞RNA-Seq数据的阶因潜变量建模

Bioconductor版本:开发(3.16)

slalom是一个可扩展的单细胞RNA-seq数据建模框架，它使用基因集注释来解析单细胞转录组异质性，从而能够识别细胞间变异的生物驱动因素和模型混杂因素。该方法使用带有潜在变量模型的贝叶斯因子分析来识别解释单细胞RNA-seq数据集变异的活性通路(由用户选择，例如KEGG通路)。这是一个R/ c++实现的f-scLVM Python包。请参见https://doi.org/10.1186/s13059-017-1334-8上描述该方法的出版物。

作者:Florian Buettner [aut]， Naruemon Pratanwanich [aut]， Davis McCarthy [aut, cre]， John Marioni [aut]， Oliver Stegle [aut]

维护者:Davis McCarthy < Davis at ebi.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("slalom")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“激流回旋”)

超文本标记语言	R脚本	回转概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，KEGG，归一化，RNASeq，Reactome，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.8),RcppArmadillo，黑洞，ggplot2、网格GSEABase、方法、rsvd，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment,统计数据
链接	Rcpp，RcppArmadillo，黑洞
建议	BiocStyle，knitr，rhdf5，rmarkdown，嘘，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	slalom_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	slalom_1.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	slalom_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slalom
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slalom
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/slalom/
软件包下载报告	下载数据