弹弓

doi：10.18129/b9.bioc.slingshot

这是发展弹弓的版本；对于稳定版本，请参阅弹弓。

订购单细胞测序的工具

生物导体版本：开发（3.16）

提供了在低维数据中推断连续分支谱系结构的功能。Slingshot旨在模拟单细胞RNA测序数据中的发展轨迹，并在降低维度降低和聚类后作为分析管道中的组件。它具有足够的灵活性，可以处理任意的许多分支事件，并允许通过监督的图形结构纳入先验知识。

作者：Kelly Street [AUT，CRE，CPH]，Davide Risso [aut]，Diya Das [aut]，Sandrine Dudoit [THS]，Koen van den Berge [CTB]，Robrecht Cannoodt [CTB]（CTB）（CTB）（ ，rcannood）

维护者：凯利街<街。

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ slingshot”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“弹弓”）

html	R脚本	差异拓扑：比较沿轨迹的条件
html	R脚本	弹弓：单细胞数据的轨迹推断
PDF		参考手册

细节

生物浏览	聚类，，，，差异性，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化
版本	2.5.1
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 4.0），普林斯（> = 2.0.4），统计，轨迹
进口	图形，grdevices，Igraph，，，，矩阵， 方法，S4VECTORS，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征
链接
建议	生物基因，，，，生物使用，，，，簇发酵，，，，延迟的matrixstats，，，，尼特，，，，mclust，，，，MGCV，，，，rcolorbrewer，，，，RGL，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，UWOT，，，，COVR
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/kstreet13/slingshot/issues
取决于我	奥斯卡
进口我	调味品，，，，Tradeseq，，，，特拉维兹
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	SlingShot_2.5.1.tar.gz
Windows二进制	slingshot_2.5.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/弹弓
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/slingshot/
软件包下载报告	下载统计