Sparsedossa

doi：10.18129/b9.bioc.sparsedossa

这是发展Sparsedossa的版本；对于稳定版本，请参阅Sparsedossa。

模拟合成丰度的稀疏数据观察结果

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包是为了提供基于模型的贝叶斯方法来表征和模拟微生物组数据。Sparsedossa的模型将每个微生物特征的边际分布捕获为截短的，偏辐的对数正态分布，参数分布为父对数正态分布。该模型可以有效地参考微生物数据集，以参数化其微生物和社区，或模拟相似人群结构的合成数据集。最重要的是，它允许用户包括已知的功能功能和特征 - 米达塔相关结构，因此提供了一个金标准，以实现统计方法的基准测试以进行元基因组数据分析。

作者：boyu ren ，emma schwager ，timothy tickle ，curtis huttenhower

维护者：boyu ren ，emma schwager ，george weingart

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ sparsedossa”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Sparsedossa”）

html	R脚本	模拟合成丰度的稀疏数据观察结果（Sparsedossa）
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，免疫学，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，软件
版本	1.21.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看
进口	统计，utils，Optparse，，，，大量的，，，，tmvtnorm（> = 1.4.10），MCMCPACK
链接
建议	尼特，，，，生物使用，，，，生物基因，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sparsedossa_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	sparsedossa_1.21.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sparsedossa_1.21.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparsedossa
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sparsedossa
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sparsedossa/
软件包下载报告	下载统计