Spatzie

doi：10.18129/b9.bioc.spatzie

这是发展Spatzie的版本；对于稳定版本，请参阅Spatzie。

从染色质相互作用数据中识别富集的基序对

生物导体版本：开发（3.16）

识别从增强子促销数据中显着富含的基序。虽然增强子促销的注释通常用于定义相互作用锚的组，但Spatzie还支持预处理相互作用锚点之间的共同增强分析。支持从HIC，CHIA-PET和HICHIP等全基因组测定中得出的床PE相互作用数据。还可以用于在两个相互作用实验之间寻找差异丰富的基序对。

作者：Jennifer Hammelman [AUT，CRE，CPH]，Konstantin Krismer [AUT]，大卫·吉福德[THS，CPH]

维护者：MIT.edu的Jennifer Hammelman

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ spatzie”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Spatzie”）

html		YY1 CHIA-PET主题分析（单呼叫）
html		YY1 CHIA-PET主题分析（逐步）
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，DNA3STRUCTURE，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，结肠管制，，，，嗝，，，，峰值探测，，，，软件，，，，转录
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	生物基因，，，，BSGENOME，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组间，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，iranges，，，，矩阵，，，，MotifMatchr，，，，S4VECTORS，统计总结性特征，，，，TFBSTOOLS，UTILS
链接
建议	生物管理器，，，，生物弦，，，，尼特，，，，pheatmap，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9
系统要求
增强
URL	https://spatzie.mit.edu
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	spatzie_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	spatzie_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	spatzie_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatzie
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/spatzie
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/spatzie/
软件包下载报告	下载统计