尖刺

doi：10.18129/b9.bioc.spiky

这是发展Spiky的版本；对于稳定版本，请参阅尖刺。

无细胞MEDIP的尖峰校准

生物导体版本：开发（3.16）

Spiky通过尖峰控制器实现CFMEDIP（无细胞甲基化DNA免疫沉淀）的方法和模型产生。CFMEDIP是一种富集协议，避免了稀缺模板的破坏性转换，使其理想为“液体活检”，但在比较跨标本，受试者和实验的结果时会遇到一定的挑战。使用合成尖峰标准寡核能的使用允许使用CFMEDIP执行的诊断，以在相对和绝对项中定量比较跨受试者，实验和时间点的样品。

作者：Samantha Wilson [AUT]，Jordan Veldboom [CTB]，Lauren Harmon [AUT]，Tim Triche [AUT，CRE]

维护者：tim triche

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ spiky”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Spiky”）

html	R脚本	Spiky：使用尖峰控制的CFMedip-Seq数据分析CFMedip-Seq数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	GPL-2
要看	rsamtools，，，，基因组机，r（> = 3.6.0）
进口	统计，秤，，，，BAMLSS，方法，工具，iranges，，，，生物弦，，，，基因组签名，，，，Blandaltmanleh，，，，GenomeInfodB，，，，BSGENOME，，，，S4VECTORS，图形，GGPLOT2，UTILS
链接
建议	COVR，，，，测试，，，，平等，，，，Universalmotif，，，，烤肉串，，，，复杂的图像，，，，rmarkDown，，，，降价，，，，尼特，，，，DevTools，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked，，，，生物管理器
系统要求
增强
URL	https://github.com/trichelab/spiky
BugReports	https://github.com/trichelab/spiky/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Spiky_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	spiky_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Spiky_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spiky
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/尖峰
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/spiky/
软件包下载报告	下载统计