structToolbox

doi：10.18129/b9.bioc.StructToolbox

这是发展structToolbox的版本;对于稳定版本，请参阅structToolbox。

代谢组学和其他OMIC的数据处理和分析工具

生物导体版本：开发（3.16）

一组广泛的数据（预）处理和分析方法和代谢组学和其他OMICS的工具，并非常重视统计和机器学习。该工具箱允许用户构建广泛而标准化的工作流以进行数据分析。方法和工具已经使用结构提供的基于类的模板（使用基于类的模板中的统计信息）软件包实现。该工具箱包括预处理方法（例如信号漂移和批化校正，归一化，缺失的价值插图和缩放），单变量（例如，ttest，各种形式的ANOVA，KRUSKAL – WALLIS测试等）以及多变量统计方法（例如，PCA和PLS和PLS和PLS和PLS和PLS，包括交叉验证和置换测试）以及机器学习方法（例如支持向量机）。统计本体（Stato）已集成并实施，以为不同方法，输入和输出提供标准化的定义。

作者：Gavin Rhys Lloyd [AUT，CRE]，拉尔夫·约翰内斯·玛丽亚·韦伯[aut]

维护者：Gavin Rhys Lloyd

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ structToolbox”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ structToolbox”）

html	R脚本	使用structToolbox的代谢组学和其他OMIC数据集的数据分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	代谢组学，，，，软件，，，，工作流程
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.0），结构（> = 1.5.1）
进口	GGPLOT2，，，，ggthemes， 网格，栅格， 方法，秤，，，，sp，统计，utils
链接
建议	农业，，，，Biocfilecache，，，，生物使用，，，，车，，，，COVR，，，，牛仔图，，，，E1071，，，，Emmeans，，，，ggdendro，，，，尼特，，，，魔术，，，，nlme，，，，OpenXLSX，，，，请，，，，PMP，，，，RESHAPE2，，，，ropls，，，，rmarkDown，，，，RTSNE，，，，测试，，，，Rappdirs
系统要求
增强
URL	https://github.com/computational-metabolomics/structtoolbox
取决于我
进口我
建议我	代谢组工厂
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	structToolbox_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	structToolbox_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	structToolbox_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructToolbox
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/structtoolbox
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/Structtoolbox/
软件包下载报告	下载统计