Svanumt

doi：10.18129/b9.bioc.svanumt

这是发展Svanumt的版本；对于稳定版本，请参阅Svanumt。

从结构变体调用中检测到NUMT

生物导体版本：开发（3.16）

Svanumt包含用于检测结构变体调用中的NUMT事件的函数。它需要在破裂符号的格兰格中进行结构变体调用，并通过核线粒体破裂连接来识别NOMT。主函数报告候​​选人如果在一定距离阈值中发现了一对有效的插入位点，则候选插入位点。候选人的数量通过事件报告。

作者：破坏Dong [AUT，CRE]

维护者：在gmail.com上破坏dong

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ svanumt”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Svanumt”）

html	R脚本	Svanumt包
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件，，，，变体
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	基因组机，，，，rtracklayer，，，，变体，，，，结构视频隔离，，，，生物基因，，，，生物弦，R（> = 4.0）
进口	断言，，，，Stringr，，，，dplyr， 方法，rlang，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，，，，GenomicFeatures
链接
建议	txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，GGPLOT2，，，，DevTools，，，，测试（> = 2.1.0），roxygen2，，，，尼特，，，，readr，，，，plyranges，，，，循环，，，，iranges，，，，总结性特征，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/papenfusslab/svanumt/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	svanumt_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	svanumt_1.3.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	svanumt_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svanumt
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/svanumt
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/svanumt/
软件包下载报告	下载统计