Svaretro

doi：10.18129/b9.bioc.svaretro

这是发展Svaretro的版本；对于稳定版本，请参阅Svaretro。

从结构变异的转录转录转录记录检测

生物导体版本：开发（3.16）

Svaretro包含用于从结构变体调用中检测转录转录转录本（RT）的函数。它需要在破裂符号的格兰格中进行结构变体调用，并通过外显子连接和插入位点标识RT。候选RT通过事件报告，并用插入的成绩单的信息进行注释。

作者：破坏Dong [AUT，CRE]

维护者：在gmail.com上破坏dong

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ svaretro”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Svaretro”）

html	R脚本	Svaretro软件包
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	基因组机，，，，rtracklayer，，，，生物基因，，，，结构视频隔离，R（> = 4.0）
进口	变体，，，，断言，，，，生物弦，，，，Stringr，，，，dplyr， 方法，rlang，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，UTILS
链接
建议	txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，GGPLOT2，，，，DevTools，，，，测试（> = 2.1.0），roxygen2，，，，尼特，，，，生物使用，，，，plyranges，，，，循环，，，，Tictoc，，，，iranges，统计总结性特征，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/papenfusslab/svaretro/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	svaretro_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	svaretro_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	svaretro_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaretro
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/svaretro
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/svaretro/
软件包下载报告	下载统计