tLOH

DOI:10.18129 / B9.bioc.tLOH

这是发展tLOH版本;稳定发布版本请参见tLOH．

利用贝叶斯因子计算在空间转录组学预处理数据中评估LOH证据

Bioconductor版本:开发(3.16)

tLOH，或转录组学sloh，评估预处理的空间转录组学数据中杂合性(LOH)丢失的证据。该工具需要在VCF格式的可能杂合单核苷酸多态性(SNP)位置上的空间转录组聚类和等位基因计数信息。在每个SNP上计算贝叶斯因子，以确定杂合性事件潜在损失的可能性。包含两个绘图函数，以可视化每条染色体的等位基因分数和聚合贝叶斯因子。使用10X Genomics Visium Spatial Gene Expression平台生成的数据必须经过预处理，以获得单个样本VCF，每个簇都有列。必填项是等位基因深度(AD)和参考/备选等位基因的计数和读取深度(DP)。

作者:米歇尔·韦伯[cre, aut]，大卫·克雷格[aut]

维护者:Michelle Webb

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("tLOH")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“tLOH”)

超文本标记语言	R脚本	tLOH
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CopyNumberVariation,GeneExpression,单核苷酸多态性,软件,转录,转录组
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	尺度,统计,跑龙套,ggplot2,data.table,purrr,dplyr,VariantAnnotation,GenomicRanges,MatrixGenerics
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/USCDTG/tLOH
BugReports	https://github.com/USCDTG/tLOH/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tLOH_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	tLOH_1.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tLOH_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tLOH
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tLOH
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tLOH/
包下载报告	下载数据