tanggle

DOI:10.18129 / B9.bioc.tanggle

这是发展tanggle版本;稳定的发布版本,请参阅tanggle。

系统网络的可视化

Bioconductor版本:发展(3.16)

为策划提供功能分割(或隐式的)网络(拔起,无向)和明确的网络(扎根、导演)和网状扩展。“ggtree”和使用功能从“模仿”和“phangorn”。它扩展了“ggtree”包(@Yu2017)允许系统网络的可视化使用“ggplot2”语法。它提供了另一种阴谋的功能已经在“猿”-和Schliep (2019) 和phangorn Schliep (2011) 。

作者:克劳斯Schliep (aut (cre),玛塔Vidal-Garcia (aut),克劳迪娅Solis-Lemus (aut),Leann Biancani (aut) Eren Ada (aut), l·弗朗西斯科Henao迪亚兹(aut) Guangchuang Yu(施)

维护人员:克劳斯Schliep <克劳斯。在gmail.com schliep >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tanggle”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tanggle”)

HTML	R脚本	* * * * * * tanggle: Visualizacion de红色filogeneticas反对* ggplot2 *
HTML	R脚本	* * * * * * tanggle:可视化的系统网络* ggplot2 *框架
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,聚类,DataImport,MultipleSequenceAlignment,系统发生学,软件,可视化
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggtree
进口	猿(> = 5.0),phangorn(> = 2.5),跑龙套,方法
链接
建议	tinytest,BiocStyle,ggimage,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://klausvigo.github.io/tangglehttps://github.com/KlausVigo/tanggle
BugReports	https://github.com/KlausVigo/tanggle/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	tanggle_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	tanggle_1.3.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	tanggle_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tanggle
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tanggle
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tanggle/
包下载报告	下载数据