码头

doi：10.18129/b9.bioc.tomoda

这是发展番茄的版本；对于稳定版本，请参阅码头。

Tomo-Seq数据分析

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了许多易于使用的方法来分析和可视化tomo-seq数据。TOMO-SEQ技术基于组织的冷冻和连续切片的RNA-Seq。（参考：Kruse F，Junker JP，Van Oudenaarden A，Bakkers J. Tomo-Seq：一种以空间分辨率获得全基因组表达数据的方法。方法CellBiol。2016; 135：299-307。doi：10.1016/bs/bs。可以使用几个可见功能来创建易于修改的图。

作者：Wendao Liu [AUT，CRE]

维护者：wendao liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ tomoda”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tomoda”）

html	R脚本	码头
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，空间，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0.0）
进口	方法，统计，grdevices，RESHAPE2，，，，RTSNE，，，，UMAP，，，，rcolorbrewer，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，总结性特征
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/liuwd15/tomoda
BugReports	https://github.com/liuwd15/tomoda/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tomoda_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	tomoda_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tomoda_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tomoda
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/汤匙
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tomoda/
软件包下载报告	下载统计