Tradeseq

doi：10.18129/b9.bioc.tradeseq

这是发展tradeseq的版本;对于稳定版本，请参阅Tradeseq。

基于轨迹的差分表达分析用于测序数据

生物导体版本：开发（3.16）

TradEseQ提供了一种拟合回归模型的灵活方法，该方法可用于查找沿轨迹中一个或多个谱系差异表达的基因。根据合适的模型，它使用了各种适合回答不同感兴趣问题的测试，例如表达与假期相关的基因的发现，或沿轨迹差异表达（在特定区域）。它符合每个基因的负二项式广义添加剂模型（GAM），并对GAM的参数进行推断。

作者：Koen van den Berge [AUT]，Hector Roux de Bezieux [Aut，Cre]，Kelly Street [AUT，CTB]，Lieven Clement [AUT，CTB]，桑德琳Dudoit [CTB]

维护者：hector roux de bezieux

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ tradeseeseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tradeseq”）

html		跨条件的差异表达
html	R脚本	MONOCLE + TRADESEQ
html	R脚本	有关使用FitGam的更多详细信息
html	R脚本	TradeseQ工作流程
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，差异性，，，，基因表达，，，，多重组合，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，时间科，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	MGCV，，，，EDGER，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，弹弓，，，，马格里特，，，，rcolorbrewer，，，，生物比较，，，，生物酶，，，，pbapply，，，，Igraph，，，，GGPLOT2，，，，普林斯， 方法，S4VECTORS，，，，蒂布尔，，，，矩阵，，，，轨迹，，，，维里迪斯，，，，矩阵，，，，大量的
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，COVR，，，，簇发酵
系统要求
增强
URL	https://statomics.github.io/tradeseq/index.html
BugReports	https://github.com/statomics/tradeseq/issues
取决于我	奥斯卡
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tradeseq_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	tradeseq_1.11.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tradeseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tradeseq/
软件包下载报告	下载统计