traviz

DOI:10.18129 / B9.bioc.traviz

这是发展traviz版本;稳定发布版本请参见traviz．

用于可视化和解释的轨迹函数。

Bioconductor版本:开发(3.16)

traviz提供了一套函数来绘制Bioconductor包中与轨迹相关的对象。它允许在降维中绘制轨迹，以及作为伪时间函数的平均基因表达平滑。除了一般效用函数，traviz还允许绘制由Slingshot估计的轨迹，以及由tradeSeq估计的平滑轨迹。此外，它允许使用ggplot2可视化Slingshot轨迹。

作者:Hector Roux de Bezieux [aut, ctb]， Kelly Street [aut, ctb]， Koen Van den Berge [aut, cre]

维护者:Koen Van den Berge < Koen。在gmail.com vdberge >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("traviz")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“traviz”)

超文本标记语言	R脚本	ggplot2 +弹弓
超文本标记语言	R脚本	traviz
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (R-4.1)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	ggplot2，冬青，mgcv，SingleCellExperiment，弹弓，princurve，Biobase、方法、RColorBrewer，SummarizedExperimentgrDevices图形,rgl
链接
建议	嘘，dplyr，testthat(> = 3.0.0),covr，S4Vectors，rmarkdown，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	traviz_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	traviz_1.3.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/traviz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ traviz
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/traviz/
包下载报告	下载数据