Treekor

doi：10.18129/b9.bioc.treekor

这是发展Treekor的版本；对于稳定版本，请参阅Treekor。

细胞仪群层次结构和细胞到表型关联

生物导体版本：开发（3.16）

Treekor是一个新型框架，旨在利用单细胞术数据的层次结构性质，以在细胞亚群和患者临床终点之间找到牢固且可解释的关联。这些关联的目的是概括工作流程中普遍存在的嵌套比例，这些嵌套是输液手动门控，通常在工作流程中使用自动聚类来忽略这些嵌套，以识别细胞群体。我们开发了Treekor：得出细胞簇的分层树结构；将细胞类型定量为相对于样品中所有细胞的比例（总计百分比），而相对于父群的比例（父母百分比）；使用计算的比例进行显着性测试；并提供交互式HTML可视化，以帮助突出关键结果。

作者：Adam Chan [AUT，CRE]，Ellis Patrick [CTB]

维护者：Adam Chan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ treekkor”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Treekor”）

html	R脚本	小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，差异性，，，，流程仪，，，，免疫学，，，，质谱，，，，Singlecell，，，，软件，，，，统计信息，，，，可视化
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	统计，utils，花花公子，，，，dplyr，，，，Data.Table，，，，Ggiraph，，，，GGPLOT2，，，，霍巴赫，，，，猿，，，，格特里，，，，拼布，，，，Singlecellexperiment，，，，diffcyt，，，，EDGER，，，，LME4，，，，多comp
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，催化剂，，，，测试（> = 3.0.0）
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	treekor_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	treekor_1.5.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	treekor_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treekor
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/weerkor
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/treekor/
软件包下载报告	下载统计