txcutr

DOI:10.18129 / B9.bioc.txcutr

这是发展txcutr版本;稳定发布版本请参见txcutr。

转录组刀

Bioconductor版本:开发(3.16)

各种mRNA测序文库制备方法专门从转录本末端生成测序reads。专注于从这些数据中量化亚型用法的分析可以通过使用截断版本的转录组注释来辅助，无论是在对齐或伪对齐阶段，还是在下游分析中。这个包实现了一些方便的方法，可以方便地生成这种截断的注释及其对应的序列。

作者:Mervin Fansler [aut, cre]

维护者:Mervin Fansler

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" txcutter ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“txcutr”)

超文本标记语言	R脚本	介绍txcutr
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，注释，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	AnnotationDbi，GenomicFeatures，IRanges，GenomicRanges，BiocGenerics，Biostrings，S4Vectors，rtracklayer，BiocParallel，统计，方法，效用
链接
建议	RefManageR，BiocStyle，knitr，sessioninfo，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	txcutr_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	txcutr_1.3.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	txcutr_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/txcutr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ txcutr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/txcutr/
包下载报告	下载数据