Universalmotif

doi：10.18129/b9.bioc.universalmotif

这是发展Universalmotif的版本;对于稳定版本，请参阅Universalmotif。

用R导入，修改和导出图案

生物导体版本：开发（3.16）

允许将大多数常见的基序类型导入R，以通过其他生物导体相关软件包提供的功能使用。可以将基序导出为来自其他生物导体包装定义的各种类别的大多数主要基序格式。包括一个基序和序列操纵和分析函数的套件，包括富集，比较，p值计算，改组，修剪，高阶基序等。

作者：本杰明·让·玛丽·特雷伯（Benjamin Jean-Marie Tremblay）[AUT，CRE]，Spencer Nystrom [CTB]

维护者：本杰明·让·玛丽·特雷布莱（Benjamin Jean-Marie Tremblay）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ UniversalMotif”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Universalmotif”）

PDF	R脚本	“ Universalmotif”简介
PDF	R脚本	序列主题简介
PDF	R脚本	主题比较和p值
PDF	R脚本	图案进口，出口和操纵
PDF	R脚本	序列操纵和扫描
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，结肠管制，，，，图案，，，，主题，，，，软件
版本	1.15.2
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5.0）
进口	方法，统计，utils，大量的，，，，GGPLOT2，，，，Yaml，，，，iranges，，，，RCPP，，，，生物弦，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，rlang， 网格
链接	RCPP，，，，rcppthread
建议	拼写，，，，尼特，，，，预订，，，，TFBSTOOLS，，，，rmarkDown，，，，主题，，，，测试，，，，生物比较，，，，seqlogo，，，，Motifstack，，，，dplyr，，，，猿，，，，格特里，，，，processx，，，，ggseqlogo，，，，牛仔图，，，，基因组机，，，，GGBIO
系统要求
增强	pwmenrich，，，，rgadem
URL	//www.andersvercelli.com/packages/universalmotif/
BugReports	https://github.com/bjmt/universalmotif/issues
取决于我
进口我	Circrnaprofiler，，，，模因
建议我	尖刺
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Universalmotif_1.15.2.2.tar.gz
Windows二进制	Universalmotif_1.15.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Universalmotif_1.15.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/universalmotif
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/universalmotif
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/universalmotif/
软件包下载报告	下载统计