伶盗龙

DOI:10.18129 / B9.bioc.velociraptor

这是发展迅猛龙的版本;稳定发布版本请参见伶盗龙．

单细胞速度工具包

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包提供bioconductor友好的包装器，用于单细胞RNA-seq数据中的RNA速度计算。我们使用basilisk包来管理Conda环境，使用zellkonverter包来转换singlecellexperexperiment (R)和AnnData (Python)之间的数据结构。由速度方法产生的信息存储在singlecellexperexperiment类的各个组件中。

作者:Kevin Rue-Albrecht，亚伦·伦[au]，夏洛特·索尼森[au]，迈克尔·施塔德勒[au]

维护人员:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("velociraptor")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“迅猛龙”)

超文本标记语言	R脚本	用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，GeneExpression，测序，SingleCell，软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法、统计数据矩阵，BiocGenerics，网状，S4Vectors，DelayedArray，蛇怪，zellkonverter，天窗，SingleCellExperiment，BiocParallel，BiocSingular
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown，pkgdown，食物，嘘，scRNAseq，Rtsne、图形、grDevicesggplot2，cowplot，GGally，拼接而成，metR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/velociraptor
BugReports	https://github.com/kevinrue/velociraptor/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	velociraptor_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	velociraptor_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	velociraptor_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/velociraptor
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/迅猛龙
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/velociraptor/
包下载报告	下载数据