xcore

doi：10.18129/b9.bioc.xcore

这是发展Xcore的版本;对于稳定版本，请参阅xcore。

Xcore表达调节器推断

生物导体版本：开发（3.16）

XCORE是基于已知分子特征和用户基因表达数据的转录因子活性建模的R软件包。随附的Xcoredata软件包提供了一系列分子特征，这些标志是由公开可用的芯片seq实验构建的。Xcore使用脊回归将表达的变化模拟为分子特征的线性组合，并找到其未知活动。获得的，可以进一步测试估计值的显着性，以选择对观察到的表达变化具有最高预测影响的分子特征。

作者：MaciejMigdał[Aut，CRE]，BogumiłKaczkowski[aut]

维护者：gmail.com上的maciejmigdał

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ xcore”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ xcore”）

html	R脚本	Xcore小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	表观遗传学，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，回归，，，，测序，，，，软件
版本	1.1.2
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	GPL-2
要看	R（> = 4.2）
进口	延迟（> = 0.18.0），EDGER（> = 3.34.1），foreach（> = 1.5.1），基因组机（> = 1.44.0），Glmnet（> = 4.1.2），iranges（> = 2.26.0），迭代器（> = 1.0.13），马格里特（> = 2.0.1），矩阵（> = 1.3.4），方法（> = 4.1.1），多亚sayExexperiment（> = 1.18.0），统计S4VECTORS（> = 0.30.0），Utils
链接
建议	AnnotationHub（> = 3.0.2），生物基因（> = 0.38.0），生物比较（> = 1.28），生物使用（> = 2.20.2），Data.Table（> = 1.14.0），DevTools（> = 2.4.2），多帕尔（> = 1.0.16），实验室（> = 2.2.0），尼特（> = 1.37），pheatmap（> = 1.0.12），代理人（> = 0.4.26），岭（> = 3.0），rmarkDown（> = 2.11），rtracklayer（> = 1.52.0），测试（> = 3.0.0），用这个（> = 2.0.1），Xcoredata
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我	Xcoredata
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	xcore_1.1.2.tar.gz
Windows二进制	xcore_1.1.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	xcore_1.1.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcore
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/xcore
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/xcore/
软件包下载报告	下载统计