版本1.8.0的变化------------------------- o扩展了对用户定义输入的基准测试支持:-混合预定义和用户定义的丰富方法(函数' runEA '和' evalTypeIError ') -简化了附加参数传递给用户定义的丰富方法的函数' runEA '和' evalTypeIError ' o TCGA RNA-seq概要现在也可以通过curatedTCGAData使用' loadEData(" TCGA ", mode = "cTD") '获得通过样本排列的I型错误评估-评估>= 1表达数据集上的>= 1富集方法-支持将排列分割成定义大小的块+调用并行评估分区o新函数' evalRandomGS '用于评估随机基因集:-当应用于定义大小的随机基因集时,估计富集方法被拒绝的零假设(=显著基因集的分数)的比例-在选择的表达数据集上评估>= 1个富集方法o对' evalRelevance '函数的新参数' method '用于评估基因集排名的表型相关性,选项包括:- "wsum":计算相关性得分的加权和(默认值),- "auc":基于ROCR包执行ROC/AUC分析,- "cor":计算标准相关,如Spearman's rank correlation, -用于定制行为的用户定义函数。o新函数“plotDEDistribution”和“plotNrSamples”,用于跨表达数据集的汇编探索差异表达和样本量o扩展支持用户定义的基准测试输入,包括简化的用户定义丰富方法插件(感谢Marcel Ramos @链接- ny)