1.17.2(2022-02-15)版本变更+修复taxa_are_rows为FALSE时转换错误1.17.2(2022-02-03)版本变更+合并microbiomeutilites功能*将phyloseq槽转换为tibbles * Combine_otu_tax连接otu_table和tax_table *合并add_bestit从format_to_bestit调整*合并psmelt2从phy_to_ldf调整*转换方法中的错误修复alr版本1.17.2(2022-01-15)的更改+ alr转换添加版本更改1.17.1(2020-01-11) +修复plot_core中的bug + bfratio函数删除1.15.3(2020-10-27)版本中的更改+已弃用bfratio函数1.14.1(2021-09-29)版本中的更改+关联函数中删除分类方法1.1.2(2020-07-01)版本中的更改+改进了核心热图标记+弃用aggregate_top_taxa +双模性和potential_analysis函数修复了1.1.1版本中的更改(2020-04-06)+增加了重叠函数0.9.9(2020-04-05)版本中的更改+noncore_members切除+添加aggregate_rare函数+ Bioc抛光的变化版本0.9.2(2019-12-25)+散度函数重写清晰*从酸式焦磷酸钠转向vapp +删除noncore_abundance +修复plot_core轴标签+ is.compositional函数添加+ spreadplot函数添加删除现成的主题从功能+重命名is.compositional is_compositional +固定一个bug core_members(现在也non-compositional检测允许)+删除rm。na选项从aggregate_taxa +弃用noncore_*函数(替换为rare_*函数无处不在)+删除variable_members函数+支持从R-3.3.3和更低版本的变化0.5.4(2018-11-20)+从函数中删除theme()命令，让用户选择+修复了merge_taxa2中的错误+修复了Pielou的均匀性中的错误+新函数:Readcount、bfratio、aggregate_top_taxa +重写了aggregate_taxa，并移动了新函数aggregate_top_taxa + plot_composition函数中的顶部参数:示例的新选项。排序和otu。sort +在示例数据集的分类表中添加门级别*新函数:主导+多样性函数现在由alpha函数取代。alpha是更通用的，也可以返回其他alpha多样性指数。+ plot_frequencies函数现在只返回ggplot对象+重命名全局函数为alpha +重命名参数rare .detection和rare . values。+在丰富度函数中增加Chao1指标+在atlas1006数据集中，去除otu表中+1的伪计数，便于与测序数据集比较，避免混淆+在atlas1006数据集中，每个主题-时间组合只选择一个复制(随机)+添加了新函数collapse_copies +所有示例数据集的丰度矩阵(otu表)，现在从0开始，没有伪计数+更改丰富性函数中检测参数的默认值为detection=0 +删除稀有度。门槛和稀有性。流行选项从阿尔法功能+各种小的修复; see github commits for many more details o Color order in plot_landscape legend now follows the factor levels of the col argument o Fixed example in remove_samples CHANGES IN VERSION 0.1.2 # New features o Added plot_abundances function o Added Chao1 index in richness function o In atlas1006 data set, pseudocount of +1 in otu table has been removed to facilitate comparison with sequencing data sets and to avoid confusion o In atlas1006 data set, only a single replicate per subject-time combination is chosen (at random) o New function collapse_replicates has been added # Major changes o Abundance matrices (otu tables) for all example data sets now starting from 0 without pseudocount # Minor changes o Changed the default for the detection argument in the richness function to detection=0 o Color order in plot_landscape legend now follows the factor levels of the col argument o Various minor fixes; see github commits for many more details