版本1.5.17(2021-04-22)的变化:继续在associationTest上工作，现在允许在下面的点中实现额外的对比(版本1.5.02)，也可以在多个条件的情况下使用。这导致了对对比的方差协方差矩阵求反的一些问题，这导致引入了一个新的参数“inverse”，它指定了求反这个方差协方差矩阵的过程。1.5.02(2021-01-21)版本更改:+ associationTest的主要更新，其中对比不再依赖于结，而是依赖于一个新的nPoints参数，该参数指定了在对比中每个血统使用的点数。associationTest还有一个新的参数contracttype，它允许使用三种不同的对比类型来进行测试。更多细节请参阅associationTest上的文档。请注意，根据所选择的对比类型，结果可能会发生显著变化，特别是在结合折叠变化截止(l2fc参数)时。版本1.3.19(2020-10-16)更改:+合并的“条件”分支为“master”。现在“主”分支因此可以处理多个条件。在“fitGAM”中有一个新的“条件”参数来处理这个问题，并且每个谱系都将适合特定于条件的平滑器。还有一个新的测试，' conditionTest '，用于测试谱系内条件之间的DE。 The way this is done under the hood is exactly like the `patternTest`. Changes in version 1.1.07 (2020-02-27): + added testing against fold change cut-off for all DE tests + default cut-off for deciding the rank of the variance-covariance matrix changed in patternTest and earlyDETest. This can impact the results of these tests. To return to original behaviour, set `eigenThresh=1e-8` argument. Changes in version 0.99.9902 (2019-10-23) + tradeSeq's fitGam and evaluateK functions do not have a seed argument anymore, as per Bioconductor's guidelines. Users are encouraged to set the seed manually with the set.seed function before running those functions for reproducibility purposes. Changes in version 0.99.47 (2019-09-02) + tradeSeq now provides `singleCellExperiment` output o fitGam now accepts a `slingshotDataSet` object as input o All tests and plotting functions accept a `singleCellExperiment` object that contain tradeSeq output Changes in version 0.99.0 (2019-06-22) + Submitted to Bioconductor Changes in version 0.9.0 (2019-03-15) + Reformatted to fulfill Bioconductor guidelines