1简介

ChemmineOB为OpelBabel c++项目实现的化学信息学功能子集提供了一个R接口(O 'Boyle, Morley, and Hutchison 2008;O 'Boyle et al. 2011)．OpenBabel是一个开源的化学信息学工具箱，包括结构格式转换、描述符计算、复合相似性搜索等实用程序。ChemineOB旨在从r中提供这些实用程序的子集。对于非开发人员，2021欧洲杯体育投注开户ChemineOB主要用于哪里ChemmineR(Cao et al. 2008;Backman, Cao, and Girke 2011;Wang et al. 2013)作为一个附加包，而不是直接使用。

2安装

使用ChemmineOB包，OpenBabel 2.3.0或更高版本需要安装在系统上。在Linux系统上，编译还需要OpenBabel头文件ChemmineOB．windows发行版将包括它自己的OpenBabel版本。OpenBabel网站(http://openbabel.org/wiki/Get_Open_Babel)提供了在Mac或Linux系统上安装OpenBabel软件的优秀说明。的ChemmineR而且ChemmineOB包可以在R中通过以下方式安装:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet =TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("ChemmineR"， "ChemmineOB")) library("ChemmineR") library("ChemmineOB")

如果在Linux上安装失败，可能需要手动设置打开的babel库和头文件的位置。这最好通过配置标志来完成。例如，在命令提示符中do:

$ R CMD INSTALL——configure-args='——with-openbabel-include=…——with-openbabel-lib =…

其中'…'被相关路径替换。有关详细信息，请参阅README文件。

3.Windows的限制

一些OpenBabel模块不能通过ChemmineOB在窗口中使用。目前包括“MACCS”和“InChi”。

4ChemmineR Vignette中的用户手册

详细使用说明ChemmineOB的小插图中提供的ChemmineR打包而不是这个文档。将文档整合到一个中心文档中，而不是分散到几个小部件中的主要原因是，它有助于最大限度地减少重复和不一致。它也是为用户提供面向任务的功能描述的更合适的格式。来获得支持的OpenBabel实用程序的概述ChemmineOB，我们建议咨询OpenBabel功能部份ChemmineR装饰图案。打开ChemmineR，可以使用下面的命令。

装饰图案(“ChemmineR”)

5SWIG接口(面向R开发人员)2021欧洲杯体育投注开户

ChemmineOB现在包含了所有OpenBabel的包装器函数，由痛饮．我们仍然维护自己的函数集，以便更好地与R集成ChemmineR具体来说。

如果你熟悉开放通天塔API，使用SWIG包装器应该是类似的，一旦您了解了一些使用的约定。您可以查看此包中的R代码以查看这些示例。

• 使用与要构造的对象同名的函数创建新对象。所以与其

OBConversion *x = new OBConversion(…)

在R中，你会有:

x = OBConversion(…)

• 对象上的方法通过一个函数调用，该函数的名称是对象类型的名称与方法名称的连接，用下划线分隔。那么这个方法的第一个参数就是对象的实例。例如，不要:

x - >使用AddOption(…)

我们有:

OBConversion_AddOption (x,…)

• 如果你需要一个char*，你可以用stringp函数。类型可以访问char*指针投槽。该值可以从价值槽。例如:

result = stringp() OBDescriptor_GetStringValue(…stringValue = result$value()

• 各种类型的STL向量可以通过名为“vector{TYPE NAME}”的函数获得。例如，函数" vectorUnsignedInt "创建了一个无符号int类型的向量。你可以用“vectorUnsignedInt_size(vectorVariable)”来获取这个向量的大小。

然而，仍有许多特殊情况。的痛饮文档可以提供帮助，以及在R/ChemmineOB.R中浏览生成的R代码。

6版本信息

sessionInfo ()

R开发中(不稳定)(2022-10-25 r83175)平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)运行在Ubuntu 22.04.1 LTS下

矩阵产品:默认BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.17-bioc/R/lib/libRblas。所以LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ LAPACK /liblapack.so.3.10.0

locale: [1] LC_CTYPE=en_US。utf - 8LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB
[4] LC_COLLATE=C LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。utf - 8
[7] LC_PAPER = en_US。utf - 8LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] lc_phone =C LC_MEASUREMENT=en_US。utf - 8 LC_IDENTIFICATION = C

附加的基本包:[1]统计图形grDevices utils数据集方法基础

其他附件:[1]ChemmineOB_1.37.0 BiocStyle_2.27.0

通过命名空间加载(且未附加):[1]digest_0.6.30 R6_2.5.1 codetools_0.2-18 bookdown_0.29
[5] zlibbioc_1.45.0 fastmap_1.1.0 xfun_0.34 magrittr_2.0.3
[9] cachem_1.0.6 string_1 .4.1 knitr_1.40 htmltools_0.5.3
[13] rmarkdown_2.17 cli_3.4.1 sass_0.4.2 jquerylib_0.1.4
[17] compiler_4.3.0 tools_4.3.0 evaluate_0.17 bslib_0.4.0
[21] yaml_2.3.6 BiocManager_1.30.19 jsonlite_1.8.3 rlang_1.0.6
[25] stringi_1.7.8

7资金

这个软件是由国家科学基金会资助开发的:abi - 0957099、2010-0520325和IGERT-0504249。