# #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”,警告= FALSE,消息= FALSE——BiocStyle:减价()# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置(缓存= FALSE) # #美元——eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(“DNABarcodes”) mySet <——create.dnabarcodes(5)显示(mySet) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mySetAshlock < -创造。dnabarcodes(5,启发式=“ashlock”)显示(mySetAshlock) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mySetDist5 < -创造。dnabarcodes (5, dist = 5,启发式=“ashlock”)显示(mySetDist5) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -展示(长度(创建。dnabarcodes (5, dist = 5,启发式= " ashlock ")))显示(长度(创建。dnabarcodes (6, dist = 5,启发式= " ashlock ")))显示(长度(创建。dnabarcodes (7, dist = 5,启发式= " ashlock "))) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mySeqlevSet < -创造。dnabarcodes(5度规=“seqlev”启发式=“ashlock”)显示(mySeqlevSet) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mySetTriplets < -创造。dnabarcodes(5,启发式=“ashlock”, filter.triplets = FALSE)显示(mySetTriplets) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (supplierSet) myRobustSet < -创建的数据。dnabarcodes (7, dist = 5,池= supplierSet启发式=“ashlock”)显示(myRobustSet) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - myRobustSetSeqlev < -创造。dnabarcodes(7度规=“seqlev”,池= supplierSet启发式=“ashlock”)显示(myRobustSetSeqlev) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(mutatedReads)分工(头(mutatedReads), supplierSet) # # - - - - - eval = TRUE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - analyse.barcodes (supplierSet) # # - - - - - eval = FALSE,崩溃= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #长度(创建。dnabarcodes(10度规=“seqlev”启发式=“ashlock”,核心= 32))# # # 1)创建池……大小488944 # # # 2)初始染色体完成了# # # 3)运行贪婪进化# # # 2126 #长度(创建完成。dnabarcodes(10度规=“seqlev”启发式=“ashlock”,核心= 32,人口= 500,迭代= 250))# # # 1)创建池……大小488944 # # # 2)初始染色体完成了# # # 3)运行贪婪进化完成了# # # 2133