ExploreModelMatrix
在闪亮的服务器上?而安装ExploreModelMatrix
本地是一个相对简单的操作,有时你可能需要一个它在服务器上运行的实例,例如为了教学目的,或者提供它的工作版本,因为你或你的合作者没有管理权限。
一个可能的解决方案是访问运行的实例http://shiny.imbei.uni-mainz.de:3838/ExploreModelMatrix,我们也提供了演示目的。或者,您可能需要部署ExploreModelMatrix
供内部使用,或与不同的示例/功能集一起使用。这个小插图详细介绍了这样做的步骤-它可能仍然需要您本地it服务的干预,以及一定程度的技术知识。
ExploreModelMatrix
你应该主要参考这篇优秀的参考:http://docs.rstudio.com/shiny-server/,由RStudio团队精心编写和维护的管理员指南。
对于上面链接的实例(http://shiny.imbei.uni-mainz.de:3838/ExploreModelMatrix),部署在ubuntu服务器上。如果你也是这种情况,请转至https://docs.rstudio.com/shiny-server/#ubuntu-14.04
如果你已经熟悉Shiny Server,你可以考虑直接进入这里:http://docs.rstudio.com/shiny-server/#quick-start
按照主要参考指南中的指示,查看是否安装了所有软件包,并访问指向服务器地址的地址(http://your.server.address:3838/sample-apps/hello/).
ExploreModelMatrix
你需要:
ExploreModelMatrix
ExploreModelMatrix
在服务器上ExploreModelMatrix
首先需要安装Bioconductor
sudo su -c "R -e \"install.packages('BiocManager')\""
完成之后,就可以安装了ExploreModelMatrix
与
sudo su -c "R -e \"BiocManager::install('ExploreModelMatrix')\""
的开发版本也可以安装ExploreModelMatrix
从GitHub与
#首先安装remotes sudo su -c "R -e \"BiocManager::install('remotes')\"" #然后安装ExploreModelMatrix sudo su -c "R -e \"BiocManager::install('csoneson/ExploreModelMatrix')\""
请记住,如果您以根用户身份运行服务器,则只需在终端中打开R并安装所需的包
##一次性完成install.packages(“BiocManager”)::安装(“ExploreModelMatrix”) BiocManager## GitHub上的devel版本::安装(“csoneson / ExploreModelMatrix”) BiocManager
ExploreModelMatrix
在服务器上你基本上需要做两件事:
/电脑/ shiny-server
,创建一个文件夹(例如viamkdir
)命名ExploreModelMatrix
,并在其中创建一个名为app.R
.编辑其内容(例如使用6
,纳米
,或任何其他编辑器),复制粘贴以下行:库(ExploreModelMatrix) ExploreModelMatrix ()
/etc/shiny-server / shiny-server.conf
.要做到这一点,再次使用任何文本编辑器(例如。6
),并添加以下行服务器{监听3838;#……在'app_dir'模式下运行这个位置,它将托管一个单独的Shiny #应用程序,可用在'/srv/ Shiny -server/myApp' app_dir /srv/ Shiny -server/ExploreModelMatrix;#将所有Shiny输出记录到log_dir /var/ Log / Shiny -server/ExploreModelMatrix目录下的文件中;当用户访问基本URL而不是特定应用程序时,将显示此目录中可用应用程序的索引。directory_index;app_init_timeout 250;} ###到这里#…}
您可能需要重新启动闪亮服务器(Systemctl restart shiny-server
在Ubuntu)。那你应该可以出发了!
访问http://your.server.address:3838/ExploreModelMatrix为您的个人运行实例。
ExploreModelMatrix
在IMBEIhttp://shiny.imbei.uni-mainz.de:3838/ExploreModelMatrix的公共实例的地址是ExploreModelMatrix
我在医学生物统计、流行病学和信息学研究所管理的闪亮服务器上。
该机器的相关设置如下(以防你问你需要什么规格):
lb_release -a LSB模块不可用。发行者ID: Ubuntu描述:Ubuntu 16.04.2 LTS发布:16.04代号:xenial
sessionInfo()#> R正在开发中(不稳定)(2022-10-25 r83175)#>平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)运行在Ubuntu 22.04.1 LTS下# >矩阵产品:默认值#> BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.17-bioc/R/lib/libRblas.so#> LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ LAPACK /liblapack.so.3.10.0# ># >语言环境:#> [1] LC_CTYPE=en_US。utf - 8 LC_NUMERIC = C#> [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C#> [5] LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。utf - 8#> [7] LC_PAPER=en_US。utf - 8 LC_NAME = C#> [9] lc_address = c lc_phone = c#> [11] LC_MEASUREMENT=en_US。utf - 8 LC_IDENTIFICATION = C# >#>附加基础包:#>[1]统计图形grDevices utils数据集方法基础# >#>其他附加包:#> [1] ExploreModelMatrix_1.11.0# >#>通过命名空间加载(并且没有附加):#> [1] tidyr_1.2.1 sass_0.4.2 utf8_1.2.2#> [4] generics_0.1.3 stringi_1.7.8 digest_0.6.30#> [7] magrittr_2.0.3 evaluate_0.17 grid_4.3.0#> [10] fastmap_1.1.0 jsonlite_1.8.3 DBI_1.1.3#> [13] limma_3.55.0 promises_1.2.0.1 purrr_0.3.5#> [16] fansi_1.0.3 scales_1.2.1 shinydashboard_0.7.2#> [19] jquerylib_0.1.4 cli_3.4.1 shiny_1.7.3#> [22] rlang_1.0.6 ellipsis_0.3.2 cowplot_1.1.1#> [25] munsell_0.5.0 cachem_1.0.6 yaml_2.3.6#> [28] tools_4.3.0 rintrojs_0.3.2 dplyr_1.0.10#> [31] colorspace_2.0-3 ggplot2_3.3.6 httpuv_1.6.6#> [34] DT_0.26 BiocGenerics_0.45.0 assertthat_0.2.1#> [37] vctrs_0.5.0 R6_2.5.1 mime_0.12#> [40] stats4_4.3.0 lifecycle_1.0.3 string_1 .4.1 . ##> [43] S4Vectors_0.37.0 htmlwidgets_1.5.4 MASS_7.3-58.1#> [46] shinyjs_2.1.0 pkgconfig_2.0.3 pillar_1.8.1#> [49] bslib_0.4.0 later_1.3.0 gtable_0.3.1#> [52] glue_1.6.2 Rcpp_1.0.9 xfun_0.34#> [55] tibble_3.1.8 tidyselect_1.2.0 knitr_1.40#> [58] xtable_1.8-4 htmltools_0.5.3 rmarkdown_2.17#> [61] compiler_4.3.0 . #