GA4GHSHINY 1.19.0
这全球基因组和健康联盟（GA4GH）的成立是为了帮助加速基因组医学进步人类健康的潜力。它汇集了超过400多家医疗保健，研究，疾病倡导，生命科学和信息技术的领先机构。这数据工作组GA4GH的发展数据模型模式以及用于基因组数据的应用程序界面（API）。这些API是专门设计的，旨在以标准化的方式共享基因组学数据，而无需交换完整的实验。他们开发了一个这些API的参考实现提供用于托管基因组数据的Web服务器。
我们开发了ga4ghclient用于从基于GA4GH的数据库中检索和集成基因组数据的软件包。ga4ghshiny是一个配套软件包，可提供基于Web技术的图形用户界面，以与基于GA4GH的数据库相互作用，例如千基因组和BRCA交流。Web界面与信标网络提供一个具有用户选择基因组变体的数据库列表（全球基因组和健康联盟2016）。它是使用闪亮的和相关软件包。
该软件包只有一个名为应用程序，运行Web应用程序。它可以在rstudio中完成，但是信标网络集成可能不起作用。要解决此问题，请单击窗口顶部的“打开浏览器”按钮。例如，下面的代码运行连接的应用程序http://1kgenomes.ga4gh.org/。
Library（org.hs.eg.db）库（txdb.hsapiens.ucsc.hg19.hg19.knowngene）库（ga4ghshiny）app（host =“ http://1kgenomes.ga4gh.org/“，orgdb =” org.hs.eg.db“，txdb =” txdb.hsapiens.ucsc.hg19.hg19.nowngene'）这主持人参数定义要连接哪个基于GA4GH的数据服务器。这是唯一需要的参数。有一些数据库端点。
的价值服务器名称参数将显示在界面的顶部栏。如果未定义，它将显示主持人。
这orgdb和TXDB包装名称是通过基因符号和基因组特征（例如外显子和成绩单）进行搜索所必需的。TXDB软件包版本应与数据库使用的参考基因组相同。
ga4ghshiny应用程序可以通过网站执行闪亮的服务器。创建一个app.r在ShinyServer应用程序目录中添加以下文本中的文件。例如/srv/shiny-server/1kgenomes/app.r。
Library（org.hs.eg.db）库（txdb.hsapiens.ucsc.hg19.hg19.knowngene）库（ga4ghshiny）app（host =“ http://1kgenomes.ga4gh.org/“，orgdb =” org.hs.eg.db“，txdb =” txdb.hsapiens.ucsc.hg19.hg19.nowngene'）Web应用程序将在http：// localhost：3838/1kgenomes/。
## R版本4.2.0 RC（2022-04-21 R82226）##平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）## blas：/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/r/lib/libblas.so ## lapack：/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/r/lib/lib/librlapack.so ### ## ## locale：## [1] lc_ctype = en_us.utf-8 lc_numeric = c ## [3] lc_time = en_gb lc_collate = c ## [5] lc_us.us.utf-8 lc_messages = en_us.utf-8 ## [7]lc_paper = en_us.utf-8 lc_name = c ## [9] lc_address = c lc_telephone = c ## [11] lc_measurement = en_us.utf-8 lc_istientification = c ## ## ## ## ##附件：Graphics grdevices Utils数据集方法基础## ##其他附件：## [1] BiocStyle_2.25.0 ## ## ## ##通过名称空间加载（而不是附件）：## [1] bookdown_0.26 digest_0.6.6.6.6.6.6.6.6.6.2.5.5.5.1.5.5.1.5.5.1.5.5.1.5.5.1.5.1.5.1.5.15.15## [4]stringr_1.4.0 xfun_0.30 ## [16] yaml_2.3.3 fastmap_1.1。0 Compiler_4.2.0 ## [19] Biocmanager_1.30.17 htmltools_0.5.5.2 Knitr_1.39 ## [22] SASS_0.4.4.1全球基因组学和健康联盟。2016年。“共享基因组，临床数据的联合生态系统。”科学352（6291）：1278–80。https://doi.org/10.1126/science.aaf6162。