从https://support.bioconductor.org/p/9138939/。
图书馆（genomicDataCommons，悄悄= true）根据懒惰评估最佳实践的更改，我对过滤表达方法进行了很小的更改。现在无需包括〜在滤波器表达式中。所以：
q = files（）％>％genomicicdatacommons :: filter（cases.project.project_id =='tcga-coad'＆data_type =='对齐读取'＆perveriention_strategy =='rna-seq'＆data_format =='bam'）并获得结果：
计数（q）## [1] 1183和清单。
清单（q）您关于种族和种族的问题是一个好问题。
all_fields = opic_fields（files（））我们可以抓住种族或者种族的要查看潜在的匹配字段。
grep（'race |种族'，all_fields，value = true）## [1]“ cases.demographic.decnicity” ## [2]“ case.demecraphic.race” ## [3]“ cases.follow_ups.hormonal_contraceptive_type_type” ## [4] cases.follow_ups.hormonal_contraceptive_contraceptive_use_contraceptive_use ## ## ## ## ## ## ##[5]“ case.follow_ups.scan_tracer_used”现在，我们可以检查每个字段的可用值，以确定如何完成过滤器表达式。
可用_values（'files'，“ case.demagrogricic.efnicity”）## [1]“不是西班牙裔或拉丁裔”“未报告”“西班牙裔或拉丁裔” ## [4]“不知名”，“不允许收集”“ _ Missing”可用_VALUES（'files'，“ case.demecraphic.race”）## [1]“白色” ## [2]“未报告” ## [3]“黑人或非洲裔美国人” ## [4]“亚洲” ## [5]“ unnaken” ## [6]“”其他“ ## [7]”不允许收集” ## [8]“美洲印第安人或阿拉斯加本地人” ## [9]“本地夏威夷人或其他太平洋岛民” ## [10]“ _ Missing”我们现在可以完成过滤器表达式以限制白色的仅比赛。
q_white_only = q％>％genomicdatacommons :: filter（cases.demographic.race.race =='white'）count（q_white_only）## [1] 691清单（q_white_only）GenomicDataCommons？我想通过实验类型将添加的案例数（创建，在此处创建的任何逻辑日期都足够）。我试图通过GenomicDataCommons软件包获取这些数据，但是它给了我我相信给定实验类型而不是数字情况的文件数量。如何获取RNA-Seq数据的案例数量？
库（tibble）库（dplyr）## ##附件包：'dplyr'##以下对象从“包：genomicdatacommons'：## ## count，filter，选择”中掩盖##以下对象从“包：stats'：## ##过滤器，滞后掩盖##以下对象从“包装：base”：## ##互动，setdiff，setequal，union掩盖库（genomicDataCommons）案例（）％>％>％genomicicdatacommons :: filter（〜project.program.name =='tcga'＆files.experiention_strategy =='rna-seq'）％>％>％faceet（c（c（“ files.created_dateTime”））％>％centregations（）％>％。[[1]％>％as_tibble（）％>％dplyr :: besseve（dplyr :: desc（key））