工作流
库(GenomicDataCommons)库(宠物猫)
基因和基因细节
grep_fields(“基因”、“符号”)
# #[1]“象征”
头(available_values(“基因”、“符号”))
# #[1]“y_rna”“ccdc39”“matr3”“a1bg”“a1cf”“a2m”
tp53 =基因()%>% genome icdatacommons::filter(symbol==' tp53 ') %>% results(size=10000) %>% as_tibble()
地对地导弹
ssms() %>% genome datacommons::filter(染色体==paste0('chr'，tp53$ gene_染色体[1])& start_position > tp53$gene_start[1] & end_position < tp53$gene_end[1]) %>% genome datacommons::count()
# # 1311年[1]
ssms() %>% genomic icdatacommons::filter(result .转录.gene.symbol %in% c('TP53')) %>% genome datacommons::count()
# # 1309年[1]
转换为VRanges
library(VariantAnnotation) vars = ssms() %>% genomic icdatacommons::filter(result .转录.gene.symbol %in% c('TP53')) %>% genomic icdatacommons::results_all() %>% as_tibble()
vr = VRanges(seqnames =vars$染色体，ranges = IRanges(start=vars$start_position, width=1)， ref =vars$ reference_allele, alt =vars$ tumor_allele)
ssm_occurs () %>% genome datacommons::filter(ssm. result .转录.gene.symbol %in% c('TP53')) %>% genome datacommons::count()
# # 5150年[1]
var_samples = ssm_occurs () %>% genome datacommons::filter(ssm. result .转录.gene.symbol %in% c('TP53')) %>% genome datacommons::expand(c('case'， 'ssm'， 'case.project')) %>% genome datacommons::results_all() %>% as_tibble()
表(var_samples案例disease_type美元)
## ##腺泡细胞肿瘤## 7 ##腺瘤和腺癌## 1532 #附件和皮肤附属物肿瘤## 1 #复杂上皮性肿瘤## 16 ##复杂混合和基质性肿瘤## 69 #囊性、黏液性和浆液性肿瘤## 630 ##导管和小叶性肿瘤## 630 ##上皮性肿瘤，号# # 12 # # Fibromatous肿瘤# # 12 # # # # 1 # #生殖细胞肿瘤神经胶质瘤# # 483 # #脂肪瘤的肿瘤淋巴白血病# # 6 # # # # 2 # #成熟b细胞淋巴瘤# # 5 # #间皮的肿瘤# # 11 # #杂骨肿瘤# # 1 # #骨髓增生异常综合征35 # # 3 # #髓系白血病# # # # Myomatous肿瘤59 # # # #肿瘤,10号# # # # # # 1 # #神经鞘肿瘤痣和黑色素瘤# # 85 # #没有报告9 # # # # # # 60 # #浆细胞肿瘤软组织肉瘤,肿瘤胸腺上皮肿瘤移行细胞乳头状瘤和癌## 226
OncoPrint
fnames <- files() %>% genomic icdatacommons::filter(cases.project.)project_id=='TCGA-SKCM' & data_format=='maf' & data_type=='掩蔽体细胞突变' &分析。workflow_type == 'Aliquot集成躯体变体合并和屏蔽')%>% results(size = 6) %>% ids() %>% gdcdata()
黑素瘤=阅读。加于=帧[2])
## -读取## -验证## -静默变量:200 ## -总结## -处理临床数据## -缺少临床数据## -耗时1.189s (cpu 1.215s)完成
maftools: oncoplot(黑色素瘤)
##警告在min(x):没有非缺失参数的min;恢复正
##在max(x)中警告:max没有非缺失参数;返回负
