# #——回声= FALSE,结果=“隐藏”,警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - -库(GenomicInteractionNodes)库(rtracklayer)图书馆(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)图书馆(org.Hs.eg.db) knitr:: opts_chunk设置美元(警告= FALSE,消息= FALSE) # #——devtoolsInstallation, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(devtools) # install_github (“jianhong / GenomicInteractionNodes”) # #——BiocManagerInstallation, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(BiocManager)安装(“GenomicInteractionNodes”) # # # - - - - -快速入门- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #装载库库(GenomicInteractionNodes)库(rtracklayer)库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)人类hg19库(org.Hs.eg.db) # # # #用于转换gene_id gene_symbol库(GO.db) # # # #用于富集分析从bedpe文件p <进口的交互系统。文件(“extdata”、“WT.2。bedpe”,包= " GenomicInteractionNodes”) # # # #请尝试更换连接你的文件路径的交互< -进口(con = p,格式=“bedpe”) # # < - detectNodes定义节点的节点(交互)名称(节点)拉普兰人(节点、头n = 2) # #注释基因启动子节点的节点node_regions < - $ node_regions node_regions < - annotateNodes (node_regions, txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene orgDb = org.Hs.eg。db,上游= 2000,下游= 500)头(node_regions, n = 2) # #基因本体富集分析丰富< - enrichmentAnalysis (node_regions, orgDb = org.Hs.eg.db)名称(充实丰富美元)名称(丰富enriched_in_compound美元)res < -充实丰富石油美元res < - res(订单(res罗斯福美元))头(res, n = 2) # #——sessionInfo - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()