# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE, = " # > "发表评论,警告= FALSE,错误= FALSE,作物= NULL) # #——图书馆,消息= FALSE,警告= FALSE,错误= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(BiocStyle)库(HPAanalyze)库(dplyr) # #——hpaVis_eg - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - hpaVis (targetGene = c (“GCH1”,“分”,“SPR”、“DHFR”), targetTissue = c(“小脑”,“大脑皮层”,“海马”),targetCancer = c(神经胶质瘤))# #——hpaVis_eg2, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # hpaVis() # # #没有提供数据。使用版本……# # targetGene变量未指定,默认为TP53 RB1, MYC、喀斯特、表皮生长因子受体。# # targetTissue变量未指定,默认为乳房。# # targetCellType变量未指定,可视化。# # *警告:targetCellType变量未指定,可视化。# # > >使用hpaListParam()列出可能的值为目标变量。# # targetCancer变量未指定,默认为乳腺癌# #使用hpaListParam()列出可能的值为目标变量。# # #——hpaVis_eg3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - hpaVis (visType =“Patho targetGene = c (“GCH1”、“分”、“SPR”、“DHFR”), targetCancer = c(“神经胶质瘤”,“乳腺癌”))# #——hpaVisPatho_eg - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - hpaVisPatho (targetGene = c (“GCH1”、“分”、“SPR”、“DHFR”)) # #——doc_ex1, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # ? hpaVis #容易想象的伞蛋白表达水平# ? hpaVisTissue在正常组织# # ? hpaVisSubcell亚细胞车厢# # ? hpaVisPatho # # #在癌症——listParam_ex, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # hpaListParam () # #——listParam_ex2,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - hpaListParam() % > %一瞥()# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # EGFR < - hpaXml (inputXml = ENSG00000146648) #名称(EGFR) # # # > [1]“ProtClass”“TissueExprSum”“抗体”“TissueExpr”# #——doc_ex2, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # ? hpaXmlGet #导入xml文件作为“xml_document”# ? hpaXmlProtClass # ? hpaXmlTissueExprSum # ? hpaXmlAntibody # ? hpaXmlTissueExpr