库(BiocStyle)库(HPAanalyze)图书馆(dplyr)图书馆(jsonlite)

1这个案子

在某些情况下,用户可能想要导出HPA下载数据到JavaScript对象表示法(JSON)格式用于定意,如异步实时server-to-browser沟通。为了减少包的依赖关系,HPAanalyze不支持JSON通过出口吗hpaExport函数。然而,这可以通过使用一个简短的脚本如下所述。

2解决方案

导出数据到JSON可以通过转换dataframes造成hpaDownload/hpaSubset使用JSON格式jsonlite包和写文件. json文件。

2.1下载和数据子集

没有需要特殊处理的数据集。你可以下载和数据子集。由此产生的对象是一个dataframes列表。

数据< - hpaDownload (downloadList =“组织学”,version =“示例”)data_subset < - hpaSubset(数据,targetGene = c (TP53,表皮生长因子受体,CD44, PTEN, IDH1))

2.2dataframes转换为JSON

dataframes列表将被转换为一个列表json使用jsonlite: toJSON。

data_json < -拉普(data_subset jsonlite: toJSON) str (data_json) # 3 # $ normal_tissue列表:json空空的”[{\“运用\”,\“ENSG00000026508 \”, \“基因\”:\“CD44 \”, \“组织\”:\“肾上腺\”,\“cell_type \”, \“腺细胞”| __truncated__ # $病理学:json空空的”[{\“运用\”,\“ENSG00000026508 \”, \“基因\”:\“CD44 \”, \“癌症\”,\“乳腺癌\”,\“\”:1,\“媒介\”:6,\“低\”| __truncated__ # $ subcellular_location: json空空的”[{\“运用\”,\“ENSG00000026508 \”, \“基因\”:\“CD44 \”, \“可靠性\”,\“强化\”,\“强化\”,\“高尔基体”| __truncated__

2.3编写JSON文件

最后,. json文件可以保存到你的工作目录使用下代码。注意,会有一个. json为每个数据集文件。

(我在seq_along (data_json)){写(data_json[[我]],文件= paste0 (“hpa_data_”,名字(data_json[我]),. json))}

3在一个函数

如果你经常出口HPA数据转换为JSON格式,以下函数允许您使用相同的语法hpaExport。

# #功能(注意,你不需要把文件名). json在hpaExportJSON < -功能(数据文件名){data_json < -拉普(数据,jsonlite:: toJSON)(我在seq_along (data_json)){写(data_json[[我]],文件= paste0(文件名,“_”,名字(data_json[我]),. json))}} # # hpaExportJSON出口数据子集(data_subset文件名=“hpa_data”)