装饰上的热图

Zuguang Gu (z.gu@dkfz.de

2022-10-02

ComplexHeatmap、功能decorate_ * ()如。decorate_annotation ())用于绘制热图后添加图形。为了将装饰图形放在Shiny app的热图中,用户需要将所有装饰代码包装到一个函数中并将其发送post_fun参数画()函数。例如,下面的代码生成一个装饰的热图:

图书馆(ComplexHeatmap)m =矩阵rnormOne hundred.),10ht =的热图(m,name =“foo”ht =(ht)decorate_heatmap_body“foo”, {grid.text“一些文本”gp =gpar字形大小=30.))})

要将其导出为一个闪亮的应用程序,也有装饰,代码需要稍加调整:

图书馆(InteractiveComplexHeatmap)post_fun =函数(ht_list) {decorate_heatmap_body“foo”, {grid.text“一些文本”gp =gpar字形大小=30.))})ht =(ht,post_fun =post_fun)htShiny(ht)

post_fun一个自定义函数总是需要一个参数吗ht_list.自post_fun在绘制出热图后应用,ht_list中使用的post_fun实际上包含聚类结果(如果应用了它们)。因此,您可以执行以下操作post_fun

post_fun =函数(ht_list) {decorate_heatmap_body“foo”, {row_dend(ht_list)row_order(ht_list)...})

注意装饰不会应用在子热图上,所以你不会在那里看到装饰图形。