介绍
MicrobiomeProfiler是一个功能丰富的工具基于微生物组数据吗clusterProfiler。这是一个R /闪亮的包和用户友好的界面。
作为显示在下图中,侧边栏面板输入选项和主面板是用来显示输出结果(也可以看到在其他分析)。
KEGG富集分析
快速入门
运行应用程序:
库(MicrobiomeProfiler) run_MicrobiomeProfiler ()支持分析
同时,MicrobiomeProfiler可选的分析提供了一些丰富的功能。
- KEGG富集分析
- 齿轮富集分析
- Microbe-Disease富集分析
- Metabo-Pathway分析
有四个参考基因目录收集的出版物,可以用作KEGG宇宙分析在特定的场景中。
| 参考基因目录 | 描述 |
|---|---|
| human_gut2014 | 集成冗余基因人类肠道微生物组的目录上有生物技术在2014年出版 |
| human_gut2016 | 集成冗余基因上的目录公布的人类肠道微生物细胞系统在2016年 |
| human_skin | 综合人类皮肤微生物冗余基因目录 |
| human_vagina | 综合人工阴道冗余基因目录(处女座),包括6751 KEGG orthology |
案例研究
数据输入
点击例子按钮,例如基因列表将显示在输入区域。同时,多个参数可以设置以下输入区域,例如,p值截止。有一个customer_defined_universe选择用户定义特定的宇宙富集分析(也为其他浓缩分析)。之后,单击提交按钮过程分析。的清洁按钮是用于清洗当前的结果。
自定义宇宙
自定义宇宙
然后,宇宙输入框会显示如下。
运行示例
在这里,我们表明,案例研究的例子:之间的比较功能KEGG浓缩分析肺Microbioe IPF和健康的人。295显著差KEGG肺之间直接同源Microbioe idiopathnic肺纤维化患者(IPF)和健康个体KEGG浓缩分析报告。
案例研究
默认可视化结果显示十大重要条件。此外,用户可以点击感兴趣的术语表,并单击更新得到的结果。此外,还有一些输出设置调整输出图。
显示兴趣tetms
注释数据库
MicrobiomeProfiler利用四个数据库。
- KEGG数据库:京都基因和基因组的百科全书
- 齿轮数据库:集群的同源蛋白质组
- Disbiome:微生物与疾病
- SMPDB:小分子通路数据库
会话信息
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