内容gydF4y2Ba

这个包中使用的修改的字母是基于霍夫曼实验室对DNA修改的汇编gydF4y2Ba(Sood, Viner和Hoffman 2019)gydF4y2Ba．字母表经过了修改，使之与gydF4y2BaModstringsgydF4y2Ba包中。gydF4y2Ba

如果缺少修改，请告诉我们。gydF4y2Ba


表1:gydF4y2Ba ModDNAString对象支持的DNA修改列表。gydF4y2Ba
修改gydF4y2Ba 短名称gydF4y2Ba 命名法gydF4y2Ba 源自。基地gydF4y2Ba 缩写gydF4y2Ba
5-putrescinylthyminegydF4y2Ba 5分gydF4y2Ba 5分gydF4y2Ba TgydF4y2Ba pgydF4y2Ba
3-methylthyminegydF4y2Ba 3吨gydF4y2Ba 3吨gydF4y2Ba TgydF4y2Ba δgydF4y2Ba
O4-methylthyminegydF4y2Ba O4meTgydF4y2Ba O4meTgydF4y2Ba TgydF4y2Ba OgydF4y2Ba
1-methylthyminegydF4y2Ba 1吨gydF4y2Ba 1吨gydF4y2Ba TgydF4y2Ba ］gydF4y2Ba
5, 6-dihydrothyminegydF4y2Ba 二氢睾酮gydF4y2Ba 二氢睾酮gydF4y2Ba TgydF4y2Ba DgydF4y2Ba
我²-glucosyl-hydroxymethyluracilgydF4y2Ba baseJgydF4y2Ba baseJgydF4y2Ba TgydF4y2Ba JgydF4y2Ba
5-formyluracilgydF4y2Ba 5 -氟尿嘧啶gydF4y2Ba 5 -氟尿嘧啶gydF4y2Ba TgydF4y2Ba egydF4y2Ba
5-hydroxymethyluracilgydF4y2Ba 5 hmugydF4y2Ba 5 hmugydF4y2Ba TgydF4y2Ba ggydF4y2Ba
5-dihydroxypentyluracilgydF4y2Ba dhpUgydF4y2Ba dhpUgydF4y2Ba TgydF4y2Ba ｀gydF4y2Ba
5-carboxyluracilgydF4y2Ba 5标出gydF4y2Ba 5标出gydF4y2Ba TgydF4y2Ba bgydF4y2Ba
2》脱氧尿苷gydF4y2Ba 杜gydF4y2Ba 杜gydF4y2Ba TgydF4y2Ba UgydF4y2Ba
5, 6-dihydroxy-2脱氧尿苷gydF4y2Ba DHdUgydF4y2Ba DHdUgydF4y2Ba TgydF4y2Ba ∝gydF4y2Ba
5 -尿苷(2-aminoethyl)gydF4y2Ba 5 nmugydF4y2Ba 5 nmugydF4y2Ba TgydF4y2Ba πgydF4y2Ba
2》-deoxyinosinegydF4y2Ba 迪gydF4y2Ba 迪gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 我gydF4y2Ba
7-methylguaninegydF4y2Ba 7毫克gydF4y2Ba 7毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 7gydF4y2Ba
6-O-methylguaninegydF4y2Ba 6毫克gydF4y2Ba 6毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 6gydF4y2Ba
3-methylguaninegydF4y2Ba 3毫克gydF4y2Ba 3毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba
2-methylguaninegydF4y2Ba 2毫克gydF4y2Ba 2毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 2gydF4y2Ba
1-methylguaninegydF4y2Ba 1毫克gydF4y2Ba 1毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 1gydF4y2Ba
8-oxoguaninegydF4y2Ba 8 oxoggydF4y2Ba 8 oxoggydF4y2Ba GgydF4y2Ba 8gydF4y2Ba
7-amido-7-deazaguanosinegydF4y2Ba 7 a7dggydF4y2Ba 7 a7dggydF4y2Ba GgydF4y2Ba ∉gydF4y2Ba
1, N2-ethenoguaninegydF4y2Ba 12如gydF4y2Ba 12如gydF4y2Ba GgydF4y2Ba ⊆gydF4y2Ba
N2, 3-ethenoguaninegydF4y2Ba 23日如gydF4y2Ba 23日如gydF4y2Ba GgydF4y2Ba ⊇gydF4y2Ba
N2, N2-dimethylguanosinegydF4y2Ba 2、2毫克gydF4y2Ba 2、2毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba RgydF4y2Ba
N2-carboxyethylguaninegydF4y2Ba 2 ceggydF4y2Ba 2 ceggydF4y2Ba GgydF4y2Ba αgydF4y2Ba
5-methylcytosinegydF4y2Ba 5 mcgydF4y2Ba 5 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba
5-hydroxymethylcytosinegydF4y2Ba 5 hmcgydF4y2Ba 5 hmcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba hgydF4y2Ba
5-glucosylmethylcytosinegydF4y2Ba 5 gmcgydF4y2Ba 5 gmcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba ×gydF4y2Ba
5-formylcytosinegydF4y2Ba 5 fcgydF4y2Ba 5 fcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba fgydF4y2Ba
5-carboxylcytosinegydF4y2Ba 5 cacgydF4y2Ba 5 cacgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 4gydF4y2Ba
4-methylcytosinegydF4y2Ba 4 mcgydF4y2Ba 4 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba νgydF4y2Ba
3, N4-ethenocytosinegydF4y2Ba 34 ecgydF4y2Ba 34 ecgydF4y2Ba CgydF4y2Ba XgydF4y2Ba
3-methylcytosinegydF4y2Ba 3 mcgydF4y2Ba 3 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba ”gydF4y2Ba
3-ethylcytosinegydF4y2Ba 3电子商务gydF4y2Ba 3电子商务gydF4y2Ba CgydF4y2Ba κgydF4y2Ba
2-O-methylcytosinegydF4y2Ba 2 mcgydF4y2Ba 2 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba ogydF4y2Ba
1-methylcytosinegydF4y2Ba 1 mcgydF4y2Ba 1 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba （gydF4y2Ba
9-methyladeninegydF4y2Ba 马9gydF4y2Ba 马9gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ）gydF4y2Ba
7-methyladeninegydF4y2Ba 马7gydF4y2Ba 马7gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ηgydF4y2Ba
6-methyladeninegydF4y2Ba 马6gydF4y2Ba 马6gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba
4-methyladeninegydF4y2Ba 4马gydF4y2Ba 4马gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ⇓gydF4y2Ba
3-methyladeninegydF4y2Ba 马3gydF4y2Ba 马3gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ⇑gydF4y2Ba
1-methyladeninegydF4y2Ba 马1gydF4y2Ba 马1gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ＂gydF4y2Ba
6-hydroxyaminopurinegydF4y2Ba 6 haagydF4y2Ba 6 haagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba √gydF4y2Ba
2-aminoadeninegydF4y2Ba 马2gydF4y2Ba 马2gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba /gydF4y2Ba
2-amino-6-hydroxyaminopurinegydF4y2Ba 2 a6haagydF4y2Ba 2 a6haagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ≡gydF4y2Ba
N6, N6-dimethyladeninegydF4y2Ba 马6,6gydF4y2Ba 马6,6gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ζgydF4y2Ba
N6-carbamoylmethyladeninegydF4y2Ba 6 ncmagydF4y2Ba 6 ncmagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ～gydF4y2Ba 
sessionInfo ()gydF4y2Ba
## R版本4.2.0 RC (22-04-21 r82226) ##平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)##运行在:Ubuntu 20.04.4 LTS ## ##矩阵产品:默认## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.16-bio /R/lib/libRblas. ##因此## LAPACK: /home/biocbuild/bbs-3.16-bio /R/lib/libRlapack。因此## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC=C ## [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C ## [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C ## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C ## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ## attached base packages: ## [1] stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods ## [8] base ## ## other attached packages: ## [1] Modstrings_1.13.0 Biostrings_2.65.0 GenomeInfoDb_1.33.0 ## [4] XVector_0.37.0 IRanges_2.31.0 S4Vectors_0.35.0 ## [7] BiocGenerics_0.43.0 BiocStyle_2.25.0 ## ## loaded via a namespace (and not attached): ## [1] knitr_1.38 magrittr_2.0.3 GenomicRanges_1.49.0 ## [4] zlibbioc_1.43.0 R6_2.5.1 rlang_1.0.2 ## [7] fastmap_1.1.0 highr_0.9 stringr_1.4.0 ## [10] tools_4.2.0 xfun_0.30 cli_3.3.0 ## [13] jquerylib_0.1.4 htmltools_0.5.2 yaml_2.3.5 ## [16] digest_0.6.29 crayon_1.5.1 bookdown_0.26 ## [19] GenomeInfoDbData_1.2.8 BiocManager_1.30.17 bitops_1.0-7 ## [22] sass_0.4.1 RCurl_1.98-1.6 evaluate_0.15 ## [25] rmarkdown_2.14 stringi_1.7.6 compiler_4.2.0 ## [28] bslib_0.3.1 jsonlite_1.8.0

参考文献gydF4y2Ba

Sood, Ankur Jai, Coby Viner和Michael M. Hoffman, 2019。DNAmod: Dna修改数据库gydF4y2BaCheminformatics杂志gydF4y2Ba11(1): 30。gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1186/s13321-019-0349-4gydF4y2Ba．gydF4y2Ba