# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置(echo = TRUE) #美元预加载,以避免加载消息库(NanoMethViz) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(NanoMethViz) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - methy_calls < -系统。文件(包= " NanoMethViz " c (“sample1_nanopolish.tsv。广州”、“sample2_nanopolish.tsv.gz”) #看看前十行methy_data methy_calls_example < -阅读。表(methy_calls [1], 9 = " \ t”,标题= TRUE, nrows = 6) methy_calls_example # #消息= F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - methy_tabix < - file.path (tempdir (),“methy_data.bgz”)样本< - c (“sample1”、“sample2”) #您应该看到消息当运行这个自己create_tabix_file (methy_calls methy_tabix,样本)与实际数据# #不这样做,我们必须用gzfile告诉R,我们有一个gzip压缩文件methy_data < -阅读。表(gzfile (methy_tabix) col.names = methy_col_names (), nrows = 6) methy_data # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - nmr < - load_example_nanomethresult (bss) < - methy_to_bsseq bss # # (nmr) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gene_regions < - exons_to_genes (NanoMethViz:外显子(nmr)) edger_mat < - bsseq_to_edger edger_mat (bss, gene_regions)