资源索引默认情况下

图书馆(RITANdata)图书馆(日坛)图书馆(knitr)kable(attr(network_list“network_data_sources”))kable(酸式焦磷酸钠(geneset_list、长度),col.names =c(“# Genesets”))

虽然许多资源包含信息蛋白复合物(专性交互)和蛋白质(通常是瞬态)的相互作用,一些特定物理ineractions使用实验技术。确定whihc资源显示物理、through-metabolite和通过dna(即转录因子)交互,我们建议:1)每个资源的主要出版2)pathguide3)以下指南的网站

例子:蛋白复合物& (PPI)蛋白质间交互作用

基因< -geneset_list美元MSigDB_C5美元APICAL_JUNCTION_COMPLEXe < -network_overlap(基因,资源=c(“CCSB”,“字符串”),minStringScore =700年)# #我们也强烈建议使用BioPlex数据库,我们不分发日坛符合他们的许可。

例如:代谢网络交互

genes2 < -geneset_list美元MSigDB_C5美元AMINE_METABOLIC_PROCESSe2 < -network_overlap(基因,资源=c(“PID”,“HumanNet”))

例如:表达信号

genes2 < -geneset_list美元MSigDB_C5美元AMINE_METABOLIC_PROCESSe2 < -network_overlap(基因,资源=c(“他”,“HumanNet”))