编织和报告工具

杰西卡·l·拉森和加布里埃尔·贝克尔

我们可以同时使用knitr和ReportingTools，就像我们的基本插图中的这个非常简单的示例所示。

在这里，我们将创建一个简单的集成报表ReportingTools报告能力与针织。

要构建此报告，只需调用knit2html功能从针织包装。

• 默认情况下，knitr将在当前工作目录中写入目标文件。
• 我们称之为knit2html从内部reportDirectory．

• 或者，我们可以打电话knit2html与一个输出参数匹配reportDirectory传递给HTMLReport．

  注意:输出html文件必须在location参数指定的目录中。如果不是这样，ReportingTools功能就会失效。默认情况下，knitr将在当前工作目录中写入目标文件，ReportingTools将这样假设。当用替代方法调用knit2html时输出参数时，它应该匹配reportDirectory传递给HTMLReport．该规则的一个例外是包小插图，其中有必要将小插图放在欧洲杯2021体育彩票小插曲目录和通行证”../inst/doc”reportDirectory．中的小插曲目录，R会在构建小插图后清理它，所有的图像，javascript等都将丢失。

我的。df < - data.frame (EGID = c(“103”、“104”、“105”、“106”、“107”),RPKM = c(4、5、3、100、75),德= c(“是的”、“是”、“否”、“不”、“没有”))图书馆(ReportingTools)

现在，我们可以通过使用knitrHandlers将数据帧发布为表。当使用knitrHandlers时，我们必须将目的地位置指定为直接指定给knitrHandlers构造函数的参数，或者当在handlers参数中指定了knitrHandlers时，将目的地位置指定为HTMLReport的附加参数。

我们不调用finish，因为我们仍然会将输出添加到我们的针织报告中。

library(XML) instDoc <- file.path(".."， "inst"， "doc") htmlRep <- HTMLReport(shortName = "knitrReport"， handlers=knitrHandlers, reportDirectory = instDoc)

#发布(我。htmlRep[["mydf"]]<-my. df, htmlRep)这条线相当于上面的线

因此，我们能够将ReportingTools生成的表直接包含在knitr文档中。

现在我们试着放入一个图像:

library(lattice) set.seed(123) htmlRep[["pic"]] = xyplot(y~x, data = data.frame(y=rnorm(25)， x=rnorm(25)))

##我们也可以添加这样的图片:y <- rnorm(500) pic2<-histogram(y, main="Sample of 500 observations from a Normal (0,1)") publish(pic2, htmlRep)

要构建报告，只需调用knit2html功能从针织包装。

正如我们所看到的，将ReportingTools与knitr结合使用非常简单，只需选择一组不同的reportthandlers(在本例中是由knitrHandlers构造函数生成的)，并确保最终HTML文件的位置与reportthandlers对象的位置字段指定的位置相匹配(直到目录)。

这允许我们创建丰富的基于编织的报告和小插图，同时利用ReportingTools的功能来格式化和显示生成的R对象。