### R代码从vignette源的Rsubread。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:Rsubread。Rnw: 70 - 73 ################################################### 库(Rsubread) ref < -执行(“extdata”、“reference.fa”,包=“Rsubread”)buildindex (basename =“reference_index”,引用= ref ) ################################################### ### 代码块2号:Rsubread。Rnw: 90 - 92 ################################################### 读< -执行(“extdata”、“reads.txt.gz”,包=“Rsubread”)一致。统计< -对齐(指数=“reference_index readfile1 =读取,output_file =“alignResults.BAM phredOffset = 64 ) ################################################### ### 代码块3号:Rsubread。Rnw: 99 - 103 ################################################### reads1 < -执行(“extdata”、“reads1.txt.gz”,包=“Rsubread”)reads2 < -执行(“extdata”、“reads2.txt.gz”,包=“Rsubread”)一致。stat2 < -对齐(指数=“reference_index readfile1 = reads1 readfile2 = reads2 output_file =“alignResultsPE.BAM phredOffset = 64 ) ################################################### ### 代码块数量4:Rsubread。Rnw: 125 - 135 ################################################### 安< - data.frame (GeneID = c(“gene1”、“gene1”,“gene2”、“gene2”),装备=“chr_dummy”,开始= c(100, 1000, 3000, 5000),结束= c(500, 1800, 4000, 5500),链= c ("+","+","-","-"), stringsAsFactors = FALSE)安fc_SE < - featureCounts(“alignResults.BAM”,annot.ext =安)fc_SE ################################################### ### 代码块5号:Rsubread。Rnw: 142 - 144 ################################################### fc_PE < - featureCounts(“alignResultsPE.BAM annot.ext =安,isPairedEnd = TRUE) fc_PE ################################################### ### 代码块6号:Rsubread。Rnw: 164 - 166 ################################################### x < - qualityScores(文件名=读取,抵消= 64,nreads = 1000) x [1:10, 1:10 ] ################################################### ### 代码块7号:Rsubread。Rnw: 191 - 192 ################################################### propmapped(“alignResults.BAM”)