### R代码来自Vignette Source'rtreemix.rnw'########################################################### ###代码块数字1：rtreemix.rnw：33-34 ###########################################################################################-77 ############################图书馆（rtreemix）####################################################### ### ###代码块数字3：rtreemix.rnw：87-89 ###############################################################################################：rtreemix.rnw：94-96 ######################show（ex.data）## show rtreemixdata对象########################################################＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ 垃圾桶.mat <-cbind（c（1，0，0，1，1，1），c（0，1，0，0，0，1），c（1，1，1，0，1，0））toy.data < -new（“ rtreemixdata”，sample = bin.mat）show（toy.data）############################################################### ###代码块数字6：rtreemix.rnw：105-110 ##########################################################.data）eventsnum（hiv.data）样品（hiv.data）############################################################ ###代码块编号7：rtreemix.rnw：116-118 ######################################################### mod <- fit(data = hiv.data, K = 2, equal.edgeweights = TRUE, noise = TRUE) show(mod) ################################################### ### code chunk number 8: Rtreemix.Rnw:124-125 ################################################### plot(mod, fontSize = 15) ################################################### ### code chunk number 9: Rtreemix.Rnw:132-133 ################################################### plot(mod, k=2, fontSize = 14) ################################################### ### code chunk number 10: Rtreemix.Rnw:137-143 ################################################### Weights(mod) Trees(mod) getTree(object = mod, k = 2) ## Get a specific tree component k edgeData(getTree(object = mod, k = 2), attr = "weight") ## Conditional probabilities assigned to edges of the 2nd tree component numTrees(mod) getData(mod) ################################################### ### code chunk number 11: Rtreemix.Rnw:146-149 ################################################### Star(mod) Resp(mod) CompleteMat(mod) ################################################### ### code chunk number 12: Rtreemix.Rnw:152-154 ################################################### distr <- distribution(model = mod) distr$probability ################################################### ### code chunk number 13: Rtreemix.Rnw:157-159 ################################################### rand.mod <- generate(K = 3, no.events = 9, noise.tree = TRUE, prob = c(0.2, 0.8)) show(rand.mod) ################################################### ### code chunk number 14: Rtreemix.Rnw:170-175 ################################################### mod.stat <- likelihoods(model = mod, data = hiv.data) Model(mod.stat) getData(mod.stat) LogLikelihoods(mod.stat) WLikelihoods(mod.stat) ################################################### ### code chunk number 15: Rtreemix.Rnw:179-180 ################################################### getResp(mod.stat) ################################################### ### code chunk number 16: Rtreemix.Rnw:186-188 ################################################### data <- sim(model = rand.mod, no.draws = 300) show(data)