# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(BiocStyle) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“SEtools”) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # BiocManager::安装(“身为/ SEtools”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressPackageStartupMessages({库(SummarizedExperiment)库(SEtools)})数据(“本身”,包=“SEtools”) SE # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - se1 < - SE [1:10] se2 < - SE [11] se3 < -合并(列表(se1 = se1 se2 = se2)) se3 # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - se3 < -合并(列表(se1 = se1 se2 = se2), do.scale = FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - se3 < -合并(列表(se1 = se1 se2 = se2),使用。化验= c(“计数”、“logcpm”)。规模= c(假,真))# # - - - - -合并- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -构成了rowData metafeature美元(se1) < - - - - - - -样品(信件、nrow (se1),取代= TRUE) rowData (se2)美元metafeature < -样本(信件、nrow (se2),取代= TRUE) se3 < -合并(列表(se1 = se1 se2 = se2),做的。规模= FALSE, mergeBy =“metafeature aggFun =) sechm:中位数:sechm (se3特性= row.names (se3)) # #——聚合- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - se1b < - aggSE (se1, =“metafeature”) se1b # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - SE <——log2FC (SE, fromAssay =“logcpm”,控制= = = SE $条件“Homecage”) # #——sessionInfo,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()